Team:Grenoble/Modeling/Introduction

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<div class="demo">Démonstration
 
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<div class="to_hide" style="display:none;">Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Nulla magna risus, dapibus non mollis in, mollis non nulla. Maecenas non lorem lacus. Vivamus non odio odio. In pharetra est justo, adipiscing porttitor lectus. Nunc facilisis placerat ipsum sed mattis. Vestibulum vitae lectus vitae urna ullamcorper molestie sed vitae felis. Nam ac nisi auctor arcu placerat lobortis eu non tellus. In eget diam lorem, quis placerat sem. Nulla in consectetur justo. In aliquam hendrerit diam in venenatis. Integer tellus dui, porttitor in faucibus eu, convallis at nulla. Curabitur vitae quam nunc, in vestibulum orci.</div></div>
 
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Blablablaeuauaeuiuiteruietsnaiueuiqe
 
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<h1>Overview</h1>
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<script type="text/javascript">
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To model the system, we divided it into <a href="https://2012.igem.org/Team:Grenoble/Biology/Introduction#scheme">three modules</a>:
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// Méthode pour changer la visiblité d'une balise dont l'ID est passée en paramètre
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function toggleVisibility(tagId) {
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if (!document.getElementById) {
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msg = 'Votre navigateur est trop ancien pour profiter de votre visite\n';
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msg += 'Veuillez le mettre à jour ou vous en procurer un autre';
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}
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In this part we used a deterministic model to determine the sensitivity of the sensor. This analysis enabled us to know that the amplification module is required for the incoming signal to drive the subsequent modules.
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var tagToToggle;
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try { // On tente de récupérer la balise cible dont on doit changer la visibilité
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tagToToggle = document.getElementById(tagId);
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} catch (e) { // Si échec de la récupération de la balise cible
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alert('Je n\'ai pas pu trouver la balise cible');
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}
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try { // Seulement pour les non IE
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if (tagToToggle.style.display == 'none') {
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tagToToggle.style.display = 'inline';
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} else {
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tagToToggle.style.display = 'none';
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}
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} catch (e) {
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}
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// Pour IE
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if (tagToToggle.style.visibility == 'hidden') {
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tagToToggle.style.visibility = 'visible';
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} else {
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tagToToggle.style.visibility = 'hidden';
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}
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}
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</script>
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<a href="javascript:toggleVisibility('texte1')">
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Changer la visibilité du texte 1
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<a href="https://2012.igem.org/Team:Grenoble/Modeling/Amplification" style="font-size: 1.2em;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/1/1e/2_mod.png" alt="" />Internal amplification module</a>
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We first used deterministic model to evaluate the sensitivity of the amplification loop and determine the response time. A steady state analysis was performed to understand how the system works.
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Changer la visibilité du texte 2
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Then, we studied the communication between the bacteria to evaluate the time collective response time of a bacterial population as a whole.
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Because we know that the production of protein is not always turned on or turned off, this can lead to false positives/negatives. We also evaluated the false positives rate of our sensor using a stochastic model.
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Changer la visibilité du texte 3
 
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Latest revision as of 02:54, 27 September 2012

iGEM Grenoble 2012

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Project

Overview

To model the system, we divided it into three modules:

Signaling module

In this part we used a deterministic model to determine the sensitivity of the sensor. This analysis enabled us to know that the amplification module is required for the incoming signal to drive the subsequent modules.

Internal amplification module

We first used deterministic model to evaluate the sensitivity of the amplification loop and determine the response time. A steady state analysis was performed to understand how the system works.

External amplification and communication

Then, we studied the communication between the bacteria to evaluate the time collective response time of a bacterial population as a whole.

Because we know that the production of protein is not always turned on or turned off, this can lead to false positives/negatives. We also evaluated the false positives rate of our sensor using a stochastic model.

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