Team:Slovenia/Slovenian

From 2012.igem.org

(Difference between revisions)
Line 418: Line 418:
<tr class="splash">
<tr class="splash">
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/0/0b/Svn12_homepage_1switch.png" width="300"  height="300" style="left:0px; top:0px;"/>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/0/0b/Svn12_homepage_1switch.png" width="300"  height="300" style="left:0px; top:0px;"/></a>
<div class="ttip" style="top:100px;">
<div class="ttip" style="top:100px;">
<strong>Stikalo: nov tip ortogonalnega preklopnega stikala</strong>
<strong>Stikalo: nov tip ortogonalnega preklopnega stikala</strong>
-
S pomočjo DNA-vezavnih proteinov smo pripravili <b>nov tip bistabilnega preklopnega stikala za sesalske celice</b>, ki omogoča tudi razširitev v več ortogonalnih stikal in na ta način pripravo kompleksnih logičnih naprav. Ugotovili smo, da je <b>klasična shema preklopnih stikal neučinkovita</b>, če uporabimo kot represorje efektorje TAL, saj se ti vežejo na DNA nekooperativno kot monomeri. Ta problem smo rešili tako, da smo pripravili stikalo, sestavljeno iz para medsebojnih represorjev (TAL:KRAB), sklopljenega s parom aktivatorjev (TAL:VP16), ki tvorita <b>pozitivno povratno zanko</b>. Eksperimentalno smo potrdili, da lahko takšen sistem v sesalskih celicah vodi do bistabilnega stanja, ki ga lahko nadzorujemo s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a src="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch">Preberi več...</a>
+
<p>S pomočjo DNA-vezavnih proteinov smo pripravili <b>nov tip bistabilnega preklopnega stikala za sesalske celice</b>, ki omogoča tudi razširitev v več ortogonalnih stikal in na ta način pripravo kompleksnih logičnih naprav. Ugotovili smo, da je <b>klasična shema preklopnih stikal neučinkovita</b>, če uporabimo kot represorje efektorje TAL, saj se ti vežejo na DNA nekooperativno kot monomeri. Ta problem smo rešili tako, da smo pripravili stikalo, sestavljeno iz para medsebojnih represorjev (TAL:KRAB), sklopljenega s parom aktivatorjev (TAL:VP16), ki tvorita <b>pozitivno povratno zanko</b>. Eksperimentalno smo potrdili, da lahko takšen sistem v sesalskih celicah vodi do bistabilnega stanja, ki ga lahko nadzorujemo s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch">Preberi več...</a>
</div>
</div>
</td>
</td>
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/a/a8/Svn12_homepage_2safety.png" width="300" height="300" style="left:300px; top:0px;"/>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/a/a8/Svn12_homepage_2safety.png" width="300" height="300" style="left:300px; top:0px;"/></a>
<div class="ttip" style="top:100px;">
<div class="ttip" style="top:100px;">
<strong>Varnost</strong>
<strong>Varnost</strong>
-
<p>Da bi bil naš sistem mikroenkapsuliranih sesalskih celic povsem varen za paciente, smo načrtovali več varnostnih mehanizmov. Tako se bodo alginatne mikrokapsule po koncu terapije lahko varno razgradile, v terapevtskih celicah pa se bo nadzorovano sprožila apoptoza oz. programirana celična smrt. Za vsak slučaj, da ne bi katera od celic nenadzorovano ušla iz mikrokapsule, pa smo celice opremili tudi z oznako, ki omogoča učinkovito odstranitev terapevtskih celic s pomočjo telesu lastnih imunskih celic, t.i. naravnih ubijalk. <a src="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms">Preberi več...</a></p>
+
<p>Da bi bil naš sistem mikroenkapsuliranih sesalskih celic povsem varen za paciente, smo načrtovali več varnostnih mehanizmov. Tako se bodo alginatne mikrokapsule po koncu terapije lahko varno razgradile, v terapevtskih celicah pa se bo nadzorovano sprožila apoptoza oz. programirana celična smrt. Za vsak slučaj, da ne bi katera od celic nenadzorovano ušla iz mikrokapsule, pa smo celice opremili tudi z oznako, ki omogoča učinkovito odstranitev terapevtskih celic s pomočjo telesu lastnih imunskih celic, t.i. naravnih ubijalk. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms">Preberi več...</a></p>
Line 436: Line 436:
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/3/3d/Svn12_homepage_3implementation.png" width="300" height="300" style="left:600px; top:0px;"/>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/3/3d/Svn12_homepage_3implementation.png" width="300" height="300" style="left:600px; top:0px;"/></a>
<div class="ttip" style="top:100px;">
<div class="ttip" style="top:100px;">
<strong>Izvedba: napredno zdravljenje različnih bolezni</strong>
<strong>Izvedba: napredno zdravljenje različnih bolezni</strong>
-
<p>Naš sistem smo oblikovali za zdravljenje hepatitisa C ter srčne ishemije. Uporabili smo pet različnih terapevtskih proteinov, za katere je naš farmakokinetični model pokazal, da bi njihova uporaba lahko zmanjšala neželene stranske učinke in izboljšala učinkovitost terapije. Preklop med produkcijo protivirusnih oz. protivnetnih učinkovin ter produkcijo učinkovin, ki bi pospešile regeneracijo obolelega tkiva, bi od zunaj kontroliral zdravnik s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a src="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation">Preberi več...</a></p>
+
<p>Naš sistem smo oblikovali za zdravljenje hepatitisa C ter srčne ishemije. Uporabili smo pet različnih terapevtskih proteinov, za katere je naš farmakokinetični model pokazal, da bi njihova uporaba lahko zmanjšala neželene stranske učinke in izboljšala učinkovitost terapije. Preklop med produkcijo protivirusnih oz. protivnetnih učinkovin ter produkcijo učinkovin, ki bi pospešile regeneracijo obolelega tkiva, bi od zunaj kontroliral zdravnik s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
Line 448: Line 448:
<tr class="splash">
<tr class="splash">
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/0/0a/Svn12_homepage_4modelling.png" width="300" height="300" style="left:0px; top:300px;"/>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/0/0a/Svn12_homepage_4modelling.png" width="300" height="300" style="left:0px; top:300px;"/></a>
<div class="ttip" style="top:400px;">
<div class="ttip" style="top:400px;">
<strong>Modeliranje: analiza genskega stikala ter farmakokinetike</strong>
<strong>Modeliranje: analiza genskega stikala ter farmakokinetike</strong>
-
<p>Obsežno matematično modeliranje je pokazalo, da klasično preklopno stikalo ni stabilno brez kooperativnosti. Hkrati je modeliranje pokazalo, da uporaba modularnih DNA-vezavnih transkripcijskih regulatorjev, ki tvorijo dvojno pozitivno povratno zanko, izboljša robustnost stikala. Takšna topologija ne zahteva kooperativnosti, saj je nelinearnost nastane zaradi pozitivne povratne zanke. Farmakokinetični model lokalne dostave terapevtika z mikroenkapsuliranimi celicami predvidi, da bi predlagana terapija lahko zmanjšala neželene stranske učinke. <a src="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling">Preberi več...</a></p>
+
<p>Obsežno matematično modeliranje je pokazalo, da klasično preklopno stikalo ni stabilno brez kooperativnosti. Hkrati je modeliranje pokazalo, da uporaba modularnih DNA-vezavnih transkripcijskih regulatorjev, ki tvorijo dvojno pozitivno povratno zanko, izboljša robustnost stikala. Takšna topologija ne zahteva kooperativnosti, saj je nelinearnost nastane zaradi pozitivne povratne zanke. Farmakokinetični model lokalne dostave terapevtika z mikroenkapsuliranimi celicami predvidi, da bi predlagana terapija lahko zmanjšala neželene stranske učinke. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/fa/Svn12_homepage_5society.png" width="300" height="300" style="left:300px; top:300px;"/>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/fa/Svn12_homepage_5society.png" width="300" height="300" style="left:300px; top:300px;"/></a>
<div class="ttip" style="top:400px;">
<div class="ttip" style="top:400px;">
<strong>Družba: vključenost vseh, na katere lahko vpliva sintezna biologija</strong>
<strong>Družba: vključenost vseh, na katere lahko vpliva sintezna biologija</strong>
-
<p>Pri pripravi našega projekta smo želeli upoštevati mnenja ljudi iz različnih sfer, tako zdravnikov kot pacientov, pripravljalcev in nadzornikov zakonodaje, splošne javnosti, medijev ter znanstvenikov. Z njimi smo se pogovarjali o različnih vidikih našega projekta ter o medicinskih aplikacijah sintezne biologije, saj bodo njihovi pogledi pomembno vplivali na uspešno uvedbo sintezne biologije v klinično prakso. Sintezno biologijo ter njene medicinske in ostale potenciale smo želeli predstaviti tudi mlajšim generacijam, zato smo vspostavili stike tudi z različnimi srednjimi šolami. <a src="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society">Preberi več...</a></p>
+
<p>Pri pripravi našega projekta smo želeli upoštevati mnenja ljudi iz različnih sfer, tako zdravnikov kot pacientov, pripravljalcev in nadzornikov zakonodaje, splošne javnosti, medijev ter znanstvenikov. Z njimi smo se pogovarjali o različnih vidikih našega projekta ter o medicinskih aplikacijah sintezne biologije, saj bodo njihovi pogledi pomembno vplivali na uspešno uvedbo sintezne biologije v klinično prakso. Sintezno biologijo ter njene medicinske in ostale potenciale smo želeli predstaviti tudi mlajšim generacijam, zato smo vspostavili stike tudi z različnimi srednjimi šolami. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/d2/Svn12_homepage_6future.png" width="300" height="300" style="left:600px; top:300px;"/>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/d2/Svn12_homepage_6future.png" width="300" height="300" style="left:600px; top:300px;"/></a>
<div class="ttip" style="top:400px;">
<div class="ttip" style="top:400px;">
<strong>Obeti: prispevek k drugim aplikacijam ter načrti za prihodnost</strong>
<strong>Obeti: prispevek k drugim aplikacijam ter načrti za prihodnost</strong>
Line 473: Line 473:
<li>pričeti želimo s prvimi in vivo poskusi na področju ishemije in celjenja ran..</li>
<li>pričeti želimo s prvimi in vivo poskusi na področju ishemije in celjenja ran..</li>
</ul>
</ul>
-
<p><a src="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics">Preberi več...</a></p>
+
<p><a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
Line 488: Line 488:
<tr class="summary">
<tr class="summary">
<td class="summary" style="font-size:110%;">
<td class="summary" style="font-size:110%;">
-
<strong style="font-size:120%;">Abstract for non-scientists</strong><br/>
+
<strong style="font-size:120%;">Povzetek za nestrokovnjake</strong><br/>
<br />
<br />
-
<p>We designed a new type of therapy where we modify human cells,  
+
<p>Biološka zdravila se čedalje pogostje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni, saj imajo zaradi bolj specifične narave njihovega delovanja mnogo prednosti pred običajnimi zdravili. Biološka zdravila se ponavadi dajejo intravenozno ali podkožno, zaradi česar se zdravilo razporedi bolj ali manj po celem telesu, čeprav bi bilo mnogokrat zaželjeno, da bi delovalo le na določeno tarčno tkivo oz. organ. Zato ima običajna oblika zdraviljenja mnogokrat nevarne stranske učinke, terapija pa zahteva višje doze zdravila, kar poveča tudi ceno samega zdravljenja. Naša ideja za rešitev tega problema je, da bi direktno v obolelo tkivo vstavili celice, ki bi proizvajale biološko zdraviloTe terapevtske celice bi bile varno spravljene v zaščitni mikrokapsuli, ki bi preprečila sirjenje teh celic po telesu, hkrati pa jih zaščitila pred imunskim sistemom bolnika, ki bi sicer napadel in uničil telesu tuje celice. Terapevtske celice so sposobne proizvesti različna zdravila, zdravnik pa bi lahko nadzoroval, katero zdravilo bi se proizvajalo glede na fazo bolezni. Razvili smo nov tip stikala, ki omogoča izbiro, katero oz. katera kombinacija bioloških zdravil naj se proizvaja. Terapevtske celice smo prilagodili za zdravljenje hepatitisa C, kjer lahko proizvajajo biološko zdravilo s protivirusnim učinkom, nato pa še zdravilo, ki pospeši regeneracijo jeter. Z namenom terapije po srčnem infarktu pa smo terapevtske celice prilagodili tako, da njihovo delovanje zmanjša škodljivo vnetje ter pospeši tvorbo novih krvnih žil v okolici prizadetega tkiva. Ob koncu terapije (po potrebi pa tudi vmes) lahko zdravnik preko zunanjega signala sproži samouničenje terapevtskih celic in mikrokapsul. Verjamemo, da je naš sistem varen in ucinkovit ter da se ga da prilagoditi za zdravljenje različnih tipov bolezni.</p>
-
pack them into small capsules and introduce into the diseased tissue.  
+
-
In order to make this therapy useful we invented new type of switches that will allow
+
-
the medical doctors to turn on or off production of different biological drug in the patient.
+
-
At the end of the therapy the capsule will be degraded and cells that produced drugs will be
+
-
  destroyed. For the first applications we selected therapy of hepatitis C, where we induce production
+
-
of drug that has antiviral activity and at the later stage a drug that helps regeneration of liver.  
+
-
For the therapy of heart infarction we designed cells that suppress inflammation and promote formation
+
-
of new blood vessels around the affected tissue. In our experiments we demonstrated function of new
+
-
devices that have to be integrated into final therapy. Students also made mathematical model of switch
+
-
and on the distribution of drugs throughout body that should decrease the side effects of therapy.</p>
+
</td>
</td>
Line 508: Line 498:
-
<!-- PREZI >
 
-
<table class="invisible" style="width:50%;">
 
-
<tbody  class="invisible">
 
-
<tr class="normal"><td class="invisible">
 
-
 
-
<div class="prezi-player"><style type="text/css" media="screen">.prezi-player { width: 800px; } .prezi-player-links { text-align: center; }</style><object id="prezi_gkmrxcu7r3gv" name="prezi_gkmrxcu7r3gv" classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" width="800" height="600"><param name="movie" value="http://prezi.com/bin/preziloader.swf"/><param name="allowfullscreen" value="true"/><param name="allowFullScreenInteractive" value="true"/><param name="allowscriptaccess" value="always"/><param name="bgcolor" value="#ffffff"/><param name="flashvars" value="prezi_id=gkmrxcu7r3gv&amp;lock_to_path=1&amp;color=ffffff&amp;autoplay=no&amp;autohide_ctrls=0"/><embed id="preziEmbed_gkmrxcu7r3gv" name="preziEmbed_gkmrxcu7r3gv" src="http://prezi.com/bin/preziloader.swf" type="application/x-shockwave-flash" allowfullscreen="true" allowFullScreenInteractive="true" allowscriptaccess="always" width="800" height="600" bgcolor="#ffffff" flashvars="prezi_id=gkmrxcu7r3gv&amp;lock_to_path=1&amp;color=ffffff&amp;autoplay=no&amp;autohide_ctrls=0"></embed></object><div class="prezi-player-links"></div></div>
 
-
 
-
</td></tr>
 
-
</tbody>
 
-
</table>
 
-
< /PREZI -->
 
Line 532: Line 511:
<br />
<br />
-
<strong>Achievements in technical details:</strong>
+
<strong>Dosežki (bolj podrobno):</strong>
<ul style="padding-left: 30px;">
<ul style="padding-left: 30px;">
-
<li>this is the first experimental implementation of a bistable toggle switch based on noncooperative DNA-binding elements and the first bistable switch based on designed DNA-binding elements,</li>
+
<li>prvi smo eksperimentalno pokazali delovanje bistabilnega preklopnega stikala, ki temelji na nekooperativnih DNA-vezavnih proteinih, ter bistabilnega stikala, ki temelji na načrtovanih DNA-vezavnih proteinih,</li>
-
<li>we designed and tested bistable toggle switch for mammalian cells based on orthogonal TAL-repressors and activators,</li>
+
<li>pripravili in preizkusili smo bistabilno preklopno stikalo za sesalske celice, osnovano na ortogonalnih TAL-represorjih in aktivatorjih,</li>
-
<li>modeling demonstrated improved robustness of a switch based on a positive feedback loop with respect to leaky transcription,</li>
+
<li>modeliranje je pokazalo izboljšanje robustnosti stikala, osnovanega na pozitivni povratni zanki, z ozirom na puščanje transkripcije</li>
-
<li>introduced three safety mechanisms into microencapsulated mammalian cells:  
+
<li>v mikroenkapsulirane sesalske celice smo vgradili tri varnostne mehanizme:  
<ul class="circle" style="padding-left: 50px;">
<ul class="circle" style="padding-left: 50px;">
-
<li>escape tag for cell elimination by natural killer cells,</li>
+
<li>oznako, ki omogoča uničenje iz mikrokapsul pobeglih celic s pomočjo celic naravnih ubijalk;</li>
-
<li>secretory alginate lyase for degradation of alginate microcapsules,</li>
+
<li>sekretorno alginat liazo, ki razgradi alginatne mikrokapsule,</li>
-
<li>induction of apoptosis of therapeutic cells by the introduction of a prodrug,</li>
+
<li>sistem za sprožitev programirane celične smrti terapevtskih celic ob dodatku ganciklovirja,</li>
</ul>
</ul>
</li>
</li>
-
<li>introduced IFN-alpha/HGH effector pair for the therapy of hepatitis C to inactivate the virus and promote liver regeneration in the later stage,</li>
+
<li>predvideli smo kombinacijo dveh bioloških zdravil (interferon alfa ter rastni faktor hepatocitov) za zdravljenje hepatitisa C, saj lahko na tak način v prvi fazi zdravljenja inaktiviramo virus, v naslednji fazi pa olajšamo regeneracijo jeter,</li>
-
<li>introduced anakinra/VEGF-PDGF-B for therapy of ischaemia to suppress inflammation and promote angiogenesis in the later stage,</li>
+
<li>za zdravljenje ishemije smo predvideli kombinacijo večih bioloških zdravil (anakinra, vaskularni endotelijski rastni faktor, rastni faktor iz trombocitov), da bi na tak način najprej zmanjšali neželeno vnetje, nato pa pospešili nastajanje novih krvnih žil v drugi fazi zdravljenja,</li>
-
<li>deposited 89 BioBricks,</li>
+
<li>pripravili smo 89 novih konstruktov DNA, ki so kompatibilni s sintezno-biološkim standardom »BioBrick«,</li>
-
<li>improved an existing BioBrick.</li>
+
<li>izboljšali smo enega od že obstoječih standardnih "BioBrick" konstruktov DNA.</li>
</ul>
</ul>
</td>
</td>
Line 554: Line 533:
-
<!-- table example >
 
-
<table class="normal">
 
-
<thead class="normal">
 
-
<tr class="normal"><th class="normal">Column 1</th><th>Column 2</th><th>Column 3</th></tr>
 
-
</thead>
 
-
<tbody  class="normal">
 
-
<tr class="normal"><td class="normal">TALBS-pMIN-Luc</td><td class="normal">TALBS-pMIN-YFP</td><td class="normal">TALBS-pMIN-YFP</td></tr>
 
-
<tr class="normal"><td class="normal">NicTAL-BS Part1</td><td class="normal">TAL95-BS Part2</td><td class="normal">TAL95-BS Part1</td></tr>
 
-
<tr class="normal"><td class="normal">NEB 4</td><td class="normal">Fermentas B</td><td class="normal">pCMV-mCit</td></tr>
 
-
</tbody>
 
-
</table>
 
-
<!-- end table example -->
 

Revision as of 20:16, 24 September 2012



Izziv

Biološka zdravila, kot so hormoni, encimi, citokini ter protitelesa, se čedalje pogosteje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni. Ker poteka zdravljenje z biološkimi zdravili sistemsko (npr. zdravilo se injicira v kri, tako da doseže celotno telo, ne le obolelega tkiva), ima mnogokrat lahko stranske učinke. Poleg tega cena bioloških zdravil predstavlja hudo breme zdravstveni blagajni.

Naš cilj je bil razviti varen in cenovno ugoden sistem za produkcijo ter dostavo bioloških zdravil, ki bi izboljšal kakovost življenja mnogim pacientom. Zaradi lokalne aplikacije bi bili neželeni stranski učinki zmanjšani, pacienti pa bi se lažje držali režima terapije. Prav tako bi naš sistem zmanjšal število invazivnih zdravniških posegov, hkrati pa omogočil napredno večstopenjsko zdravljenje.

Sistem za produkcijo in dostavo bioloških zdravil smo načrtovali v obliki mikroenkapsuliranih sesalskih celic, ki bi jih lahko kontrolirali ter jih usmerili v produkcijo različnih zdravil. Tak sistem bi bil zanesljiv, cenovno učinkovit in varen.

Stikalo: nov tip ortogonalnega preklopnega stikala

S pomočjo DNA-vezavnih proteinov smo pripravili nov tip bistabilnega preklopnega stikala za sesalske celice, ki omogoča tudi razširitev v več ortogonalnih stikal in na ta način pripravo kompleksnih logičnih naprav. Ugotovili smo, da je klasična shema preklopnih stikal neučinkovita, če uporabimo kot represorje efektorje TAL, saj se ti vežejo na DNA nekooperativno kot monomeri. Ta problem smo rešili tako, da smo pripravili stikalo, sestavljeno iz para medsebojnih represorjev (TAL:KRAB), sklopljenega s parom aktivatorjev (TAL:VP16), ki tvorita pozitivno povratno zanko. Eksperimentalno smo potrdili, da lahko takšen sistem v sesalskih celicah vodi do bistabilnega stanja, ki ga lahko nadzorujemo s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. Preberi več...

Varnost

Da bi bil naš sistem mikroenkapsuliranih sesalskih celic povsem varen za paciente, smo načrtovali več varnostnih mehanizmov. Tako se bodo alginatne mikrokapsule po koncu terapije lahko varno razgradile, v terapevtskih celicah pa se bo nadzorovano sprožila apoptoza oz. programirana celična smrt. Za vsak slučaj, da ne bi katera od celic nenadzorovano ušla iz mikrokapsule, pa smo celice opremili tudi z oznako, ki omogoča učinkovito odstranitev terapevtskih celic s pomočjo telesu lastnih imunskih celic, t.i. naravnih ubijalk. Preberi več...

Izvedba: napredno zdravljenje različnih bolezni

Naš sistem smo oblikovali za zdravljenje hepatitisa C ter srčne ishemije. Uporabili smo pet različnih terapevtskih proteinov, za katere je naš farmakokinetični model pokazal, da bi njihova uporaba lahko zmanjšala neželene stranske učinke in izboljšala učinkovitost terapije. Preklop med produkcijo protivirusnih oz. protivnetnih učinkovin ter produkcijo učinkovin, ki bi pospešile regeneracijo obolelega tkiva, bi od zunaj kontroliral zdravnik s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. Preberi več...

Modeliranje: analiza genskega stikala ter farmakokinetike

Obsežno matematično modeliranje je pokazalo, da klasično preklopno stikalo ni stabilno brez kooperativnosti. Hkrati je modeliranje pokazalo, da uporaba modularnih DNA-vezavnih transkripcijskih regulatorjev, ki tvorijo dvojno pozitivno povratno zanko, izboljša robustnost stikala. Takšna topologija ne zahteva kooperativnosti, saj je nelinearnost nastane zaradi pozitivne povratne zanke. Farmakokinetični model lokalne dostave terapevtika z mikroenkapsuliranimi celicami predvidi, da bi predlagana terapija lahko zmanjšala neželene stranske učinke. Preberi več...

Družba: vključenost vseh, na katere lahko vpliva sintezna biologija

Pri pripravi našega projekta smo želeli upoštevati mnenja ljudi iz različnih sfer, tako zdravnikov kot pacientov, pripravljalcev in nadzornikov zakonodaje, splošne javnosti, medijev ter znanstvenikov. Z njimi smo se pogovarjali o različnih vidikih našega projekta ter o medicinskih aplikacijah sintezne biologije, saj bodo njihovi pogledi pomembno vplivali na uspešno uvedbo sintezne biologije v klinično prakso. Sintezno biologijo ter njene medicinske in ostale potenciale smo želeli predstaviti tudi mlajšim generacijam, zato smo vspostavili stike tudi z različnimi srednjimi šolami. Preberi več...

Obeti: prispevek k drugim aplikacijam ter načrti za prihodnost
  • Varnostni mehanizmi (oznaka, ki olajša nadzor imunskemu sistemu, nadzorovana razgradnja kapsul ter inducirana smrt terapevtskih celic) omogočajo uporabo tudi za druge terapevtske namene,
  • namen imamo pripraviti stabilne celične linije, ki bi imele vključene vse komponente stikala z različnimi terapevtskimi učinkovinami in varnostnimi mehanizmi,
  • načrtovana ortogonalna logika, ki temelji na transkripcijskih faktorjih povezanih z elementi TAL, bo omogočila pripravo desetine ali stotine različnih stikal in doseganje multistabilnih stanj ter drugih kompleksnih logičnih naprav,
  • pričeti želimo s prvimi in vivo poskusi na področju ishemije in celjenja ran..

Preberi več...

Povzetek za nestrokovnjake

Biološka zdravila se čedalje pogostje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni, saj imajo zaradi bolj specifične narave njihovega delovanja mnogo prednosti pred običajnimi zdravili. Biološka zdravila se ponavadi dajejo intravenozno ali podkožno, zaradi česar se zdravilo razporedi bolj ali manj po celem telesu, čeprav bi bilo mnogokrat zaželjeno, da bi delovalo le na določeno tarčno tkivo oz. organ. Zato ima običajna oblika zdraviljenja mnogokrat nevarne stranske učinke, terapija pa zahteva višje doze zdravila, kar poveča tudi ceno samega zdravljenja. Naša ideja za rešitev tega problema je, da bi direktno v obolelo tkivo vstavili celice, ki bi proizvajale biološko zdravilo. Te terapevtske celice bi bile varno spravljene v zaščitni mikrokapsuli, ki bi preprečila sirjenje teh celic po telesu, hkrati pa jih zaščitila pred imunskim sistemom bolnika, ki bi sicer napadel in uničil telesu tuje celice. Terapevtske celice so sposobne proizvesti različna zdravila, zdravnik pa bi lahko nadzoroval, katero zdravilo bi se proizvajalo glede na fazo bolezni. Razvili smo nov tip stikala, ki omogoča izbiro, katero oz. katera kombinacija bioloških zdravil naj se proizvaja. Terapevtske celice smo prilagodili za zdravljenje hepatitisa C, kjer lahko proizvajajo biološko zdravilo s protivirusnim učinkom, nato pa še zdravilo, ki pospeši regeneracijo jeter. Z namenom terapije po srčnem infarktu pa smo terapevtske celice prilagodili tako, da njihovo delovanje zmanjša škodljivo vnetje ter pospeši tvorbo novih krvnih žil v okolici prizadetega tkiva. Ob koncu terapije (po potrebi pa tudi vmes) lahko zdravnik preko zunanjega signala sproži samouničenje terapevtskih celic in mikrokapsul. Verjamemo, da je naš sistem varen in ucinkovit ter da se ga da prilagoditi za zdravljenje različnih tipov bolezni.

Outcome

Dosežki (bolj podrobno):
  • prvi smo eksperimentalno pokazali delovanje bistabilnega preklopnega stikala, ki temelji na nekooperativnih DNA-vezavnih proteinih, ter bistabilnega stikala, ki temelji na načrtovanih DNA-vezavnih proteinih,
  • pripravili in preizkusili smo bistabilno preklopno stikalo za sesalske celice, osnovano na ortogonalnih TAL-represorjih in aktivatorjih,
  • modeliranje je pokazalo izboljšanje robustnosti stikala, osnovanega na pozitivni povratni zanki, z ozirom na puščanje transkripcije
  • v mikroenkapsulirane sesalske celice smo vgradili tri varnostne mehanizme:
    • oznako, ki omogoča uničenje iz mikrokapsul pobeglih celic s pomočjo celic naravnih ubijalk;
    • sekretorno alginat liazo, ki razgradi alginatne mikrokapsule,
    • sistem za sprožitev programirane celične smrti terapevtskih celic ob dodatku ganciklovirja,
  • predvideli smo kombinacijo dveh bioloških zdravil (interferon alfa ter rastni faktor hepatocitov) za zdravljenje hepatitisa C, saj lahko na tak način v prvi fazi zdravljenja inaktiviramo virus, v naslednji fazi pa olajšamo regeneracijo jeter,
  • za zdravljenje ishemije smo predvideli kombinacijo večih bioloških zdravil (anakinra, vaskularni endotelijski rastni faktor, rastni faktor iz trombocitov), da bi na tak način najprej zmanjšali neželeno vnetje, nato pa pospešili nastajanje novih krvnih žil v drugi fazi zdravljenja,
  • pripravili smo 89 novih konstruktov DNA, ki so kompatibilni s sintezno-biološkim standardom »BioBrick«,
  • izboljšali smo enega od že obstoječih standardnih "BioBrick" konstruktov DNA.