Team:NTNU Trondheim/Constructs

From 2012.igem.org

(Difference between revisions)
(Created page with "{{:Team:NTNU_Trondheim/Templates/Header}} </div> {| class="wikitable" id="planTable" ! Hva? || Hvem? || Status || Prioritet || Hva må gjøres før vi kan begynne med...")
 
(16 intermediate revisions not shown)
Line 3: Line 3:
{| class="wikitable" id="planTable"
{| class="wikitable" id="planTable"
-
!  Hva?    ||  Hvem?    || Status || Prioritet || Hva må gjøres før vi kan begynne med dette?  ||  Deadline
+
|+ Test and working constructs
 +
! Navn || BioBricks (5'-3') ||  Funksjon || Backbone (length)  || Copy number ||Status
|-
|-
-
| '''O<sub>2</sub>-promotor-testing''': Sette sammen den O<sub>2</sub>-promotoren vi allerede har med RBS og CFP. Lage konstitutiv promotor, RBS og CFP som positiv kontroll Vanlig assembly    || '''Alle''' ||   Ikke begynt    || Høy || Ingenting || Dah...
+
|pllD|| || pllD promoter in pSB1C3||<partinfo>pSB1C3</partinfo>||High||Transformed but unverified
|-
|-
-
| '''Transformere brikker som kommer i posten'''    || '''Nina og Ove''' || Ferdig  || Høy || Nix || ASAP
+
|VGB+RBS+YFP+DTT||<partinfo>BBa_K561001</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>, <partinfo>BBa_E0030</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>||VGB test construct||?||?||Transformed. Untested.
|-
|-
-
| '''Teste O<sub>2</sub>-promotorer som kommer i posten''' || Skybert || Ikke gjort || Middels || Transformasjon av 2 O<sub>2</sub>-promotorer som kommer i posten || Tja...
+
|VHB+RBS+YFP+DTT||<partinfo>BBa_K258005</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>, <partinfo>BBa_E0030</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||VHB test construct||?||?||Transformed. Untested.
|-
|-
-
| '''Teste laktat-promotorer'''. Se kloningsplan || Skybert || Ikke gjort || Middels || Transformere laktatpromotorer som kommer i posten || Nja...
+
|K+RBS+RFP+DTT||<partinfo>BBa_K081005</partinfo>,<partinfo>BBa_E1010</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>||RFP test construct||?||?||Negative results
|-
|-
-
| '''Lage lld-promotor''' || '''Eirin''' || Ikke gjort || Høy || Må bestille primere først. Snakk med Rahmi på mandag! || Vetikkehelt
+
|K+RBS+YFP+DTT||<partinfo>BBa_K081005</partinfo>,<partinfo>BBa_E0030</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>||YFP test construct||?||?||Works
|-
|-
-
| '''Teste komplekspromotor'''. Må enten sette sammen konstitutiv promotor - RBS - LuxI - RBS - LuxR - TERM - P<sub>LuxR+HSL</sub> - RBS - RFP - TERM, eller kutte ut RBS - LuxI, og heller bestille LuxI || Skybert || Ikke gjort || Middels || Må planlegge hvordan vi skal klone. Skybert 5 må gå og snakke med Rahmi!!! || Ehh...
+
|K+RBS+GFP+DTT||<partinfo>BBa_K081005</partinfo>,<partinfo>BBa_K082003</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>||GFP test construct||?||?||Negative results
|-
|-
-
| '''Teste migrering av ''E.coli'' mot O<sub>2</sub>-fattige områder''' || Skybert || Fått innføring i apparatet som skal brukes. || Lav || Må finne ut hvilke ''E.coli''-stammer som har flagell, må snakke med Martin om nedstøping av cyanobakterier i agar, må finne ut hvilken agar vi skal bruke || Når vi får tid
+
|PBAD+lysis|| <partinfo>BBa_K206000</partinfo>, <partinfo>BBa_K112808</partinfo>||Arabinoseindusert promotor med lysis device|| <partinfo>pSB1A3</partinfo> || ||Testet og fungerer
 +
|}
 +
 
 +
{| class="wikitable"
 +
|+ Intermediates (constructs that have no function alone)
 +
! Navn ||  BioBricks (5'-3') ||  Funksjon || Backbone (length)  || Copy number ||Status
|-
|-
-
| '''Teste lysisgener''' - lage testkonstrukt og negativ kontroll - måle OD || '''Jarle''' || Ikke gjort || Høy || Må sette sammen pBad med lysisgener || Så fort vi får tid
+
|DLD+RBS|| <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>||Laktatpromotor med RBS||<partinfo>pSB1A2</partinfo> (2079)|| High ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Teste kolisinproduksjon''' - enten få takk i GC, eller teste ved å sette kolisin og RFP under konstitutiv promotor || Skybert || ikke gjort || Lav || Må få kolisin i posten først, og bli ferdig med å isolere pBad || Øhhhh...
+
|JEN1+RBS|| <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>||Laktatpromotor med RBS||<partinfo>pSB1A2</partinfo>  (2079) || High ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Testing med optisk pinsett''' || '''Gunvor''' || Ikke gjort || Middels || Må snakke med Rahmi og Martin om testing av lldR - LldR - interaksjon med og uten laktat i optisk pinsett. Hvis de er enige i at dette er et bra system å bruke optisk pinsett på, må vi bestille primere med biotin på en ende for lldR-bindingssettet, og få uttrykt et LldR-protein med His-tag || Så fort som mulig
+
|VGB+RBS ||<partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>||Oksygenpromotor med RBS ||<partinfo>pSB1A2</partinfo> (2079) || High ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Sette opp systemte på plasmid-form''' - Finne en plan over hvordan genene i det endelige konstruktet skal se orienteres på plasmidet. Må også finne ut om vi skal ha et eller to plasmid, så må først se på lengden på det endelige konstruktet || '''Ove''' || System satt opp i J5 (VectorEditor og DeviceEditor). Får plass på ett plasmid. || Høy || Bare å sette i gang || ASAP
+
|VHB+RBS|| <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>||Oksygenpromotor med RBS ||<partinfo>pSB1A2</partinfo>  (2079) || High ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Mekke PR!''' || '''Rolf''' || Ikke gjort || Høy || Smiske med alskens journalister || ASAP!
+
|RFP+DTT ||<partinfo>Bba_E1010</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||Fluorescerende protein med terminator||<partinfo>pSB1AK3</partinfo> (3189) || ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Arrangere teambilder''' || '''Nina''' || Sendt ut mail. || Høy || Bare å sette i gang || ASAP!
+
|YFP+DTT ||<partinfo>BBa_E0030</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||Fluorescerende protein med terminator||<partinfo>pSB1AK3</partinfo>  (3189)|| ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Skrive ferdig teamsang''' || '''Nina''' || Ikke gjort || Middels || Lure Eivind til å begynne å spille banjo || ASAP
+
|CFP+DTT ||<partinfo>BBa_E0020</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||Fluorescerende protein med terminator||<partinfo>pSB1AK3</partinfo>  (3189) || ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Sette seg inn i j5 og gi alle andre et kurs''' || '''Jarle''' || Ikke gjort || Høy || Nix || ASAP
+
|GFP(+LVA)+DTT ||<partinfo>BBa_K082003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||Fluorescerende protein med terminator||<partinfo>pSB1AK3</partinfo>  || ||Testkuttet
|-
|-
-
| '''Få denne tabellen til å se litt bedre ut''' || '''Ove''' || Check (blir ikke bedre enn dette) || Høy || Ingenting || Må gjøres snarest, ser forj****g ut
+
|LuxR+DTT|| <partinfo>BBa_C0062</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||LuxR-gen med terminator||<partinfo>pSB1AK3</partinfo> || ||Ligert og transformert
 +
|-
 +
|LuxI+DTT|| <partinfo>BBa_C0061</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>||LuxI-gen med terminator||<partinfo>pSB1AK3</partinfo> || ||Ligert og transformert
|-
|-
|}
|}

Latest revision as of 11:38, 8 August 2012

Search and Destroy
Search and Destroy
NTNU IS B.A.C.K.
Bacterial Anti-Cancer-Kamikaze
</div>

Test and working constructs
Navn BioBricks (5'-3') Funksjon Backbone (length) Copy number Status
pllD pllD promoter in pSB1C3<partinfo>pSB1C3</partinfo>HighTransformed but unverified
VGB+RBS+YFP+DTT<partinfo>BBa_K561001</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>, <partinfo>BBa_E0030</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>VGB test construct??Transformed. Untested.
VHB+RBS+YFP+DTT<partinfo>BBa_K258005</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>, <partinfo>BBa_E0030</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>VHB test construct??Transformed. Untested.
K+RBS+RFP+DTT<partinfo>BBa_K081005</partinfo>,<partinfo>BBa_E1010</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>RFP test construct??Negative results
K+RBS+YFP+DTT<partinfo>BBa_K081005</partinfo>,<partinfo>BBa_E0030</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>YFP test construct??Works
K+RBS+GFP+DTT<partinfo>BBa_K081005</partinfo>,<partinfo>BBa_K082003</partinfo>,<partinfo>BBa_B0015</partinfo>GFP test construct??Negative results
PBAD+lysis <partinfo>BBa_K206000</partinfo>, <partinfo>BBa_K112808</partinfo>Arabinoseindusert promotor med lysis device <partinfo>pSB1A3</partinfo> Testet og fungerer
Intermediates (constructs that have no function alone)
Navn BioBricks (5'-3') Funksjon Backbone (length) Copy number Status
DLD+RBS <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>Laktatpromotor med RBS<partinfo>pSB1A2</partinfo> (2079) High Testkuttet
JEN1+RBS <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>Laktatpromotor med RBS<partinfo>pSB1A2</partinfo> (2079) High Testkuttet
VGB+RBS <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>Oksygenpromotor med RBS <partinfo>pSB1A2</partinfo> (2079) High Testkuttet
VHB+RBS <partinfo>BBa_K284003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0034</partinfo>Oksygenpromotor med RBS <partinfo>pSB1A2</partinfo> (2079) High Testkuttet
RFP+DTT <partinfo>Bba_E1010</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>Fluorescerende protein med terminator<partinfo>pSB1AK3</partinfo> (3189) Testkuttet
YFP+DTT <partinfo>BBa_E0030</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>Fluorescerende protein med terminator<partinfo>pSB1AK3</partinfo> (3189) Testkuttet
CFP+DTT <partinfo>BBa_E0020</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>Fluorescerende protein med terminator<partinfo>pSB1AK3</partinfo> (3189) Testkuttet
GFP(+LVA)+DTT <partinfo>BBa_K082003</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>Fluorescerende protein med terminator<partinfo>pSB1AK3</partinfo> Testkuttet
LuxR+DTT <partinfo>BBa_C0062</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>LuxR-gen med terminator<partinfo>pSB1AK3</partinfo> Ligert og transformert
LuxI+DTT <partinfo>BBa_C0061</partinfo>, <partinfo>BBa_B0015</partinfo>LuxI-gen med terminator<partinfo>pSB1AK3</partinfo> Ligert og transformert
Retrieved from "http://2012.igem.org/Team:NTNU_Trondheim/Constructs"