Team:Slovenia/Slovenian

From 2012.igem.org

(Difference between revisions)
 
(17 intermediate revisions not shown)
Line 201: Line 201:
#cssmenu ul li > ul li{display:block; list-style:inside none; padding:0; margin:0; position:relative;}  
#cssmenu ul li > ul li{display:block; list-style:inside none; padding:0; margin:0; position:relative;}  
#cssmenu ul li > ul li a{ outline:none; display:block; position:relative; margin:0; padding:8px 20px; font:10pt Arial, Helvetica, sans-serif; color:#fff; text-decoration:none; text-shadow:1px 1px 0 rgba(0,0,0, 0.5); }  
#cssmenu ul li > ul li a{ outline:none; display:block; position:relative; margin:0; padding:8px 20px; font:10pt Arial, Helvetica, sans-serif; color:#fff; text-decoration:none; text-shadow:1px 1px 0 rgba(0,0,0, 0.5); }  
 +
#cssmenu ul li > ul li a table tr td span{ outline:none; display:block; position:relative; margin:0; padding:0px 0px; font:10pt Arial, Helvetica, sans-serif; color:#fff; text-decoration:none; text-shadow:1px 1px 0 rgba(0,0,0, 0.5); }
#cssmenu, #cssmenu > ul > li > ul > li a:hover
#cssmenu, #cssmenu > ul > li > ul > li a:hover
{ background:#043A6B;  
{ background:#043A6B;  
Line 216: Line 217:
#cssmenu > ul > li > a:hover{background:#0C5DA5;}  
#cssmenu > ul > li > a:hover{background:#0C5DA5;}  
/* end CSS navigation menu (blue) */
/* end CSS navigation menu (blue) */
 +
 +
/*new table start*/
 +
table.newtable {background-color:transparent;}
 +
td.newtable, th.newtable {background-color:transparent;}
 +
thead.newtable{ }
 +
tbody .newtable{}
 +
/*new table start*/
Line 230: Line 238:
-
table.splash {position:relative;}
+
table.splash {}
-
td.splash, th.splash {width:300px; height:300px;}
+
td.splash, th.splash {}
thead.splash{ background: #0C5DA5; color:#ffffff; border: 0px #d8d8d8 solid; }
thead.splash{ background: #0C5DA5; color:#ffffff; border: 0px #d8d8d8 solid; }
tbody .splash{ background: #fff; }
tbody .splash{ background: #fff; }
 +
 +
 +
td.splash .ttip{
td.splash .ttip{
 +
  float:left;
position:absolute;
position:absolute;
-
left:100px;
+
  left:150px;
 +
  top:660px;
visibility:hidden;
visibility:hidden;
z-index:100;
z-index:100;
-
width:700px;  
+
width:700px;
opacity:0.85;
opacity:0.85;
background:#dedede;
background:#dedede;
Line 248: Line 261:
}
}
 +
td.splash .ttip2{
 +
  float:left;
 +
position:absolute;
 +
  left:150px;
 +
  top:960px;
 +
visibility:hidden;
 +
z-index:100;
 +
width:700px;
 +
opacity:0.85;
 +
background:#dedede;
 +
border-radius: 30px;
 +
font-family: Arial, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;
 +
padding: 10px 10px 10px 10px;
 +
}
 +
 +
td.splash:hover > .ttip
 +
{
 +
visibility:visible;
 +
}
 +
 +
td.splash:hover > .ttip2
 +
{
 +
visibility:visible;
 +
}
 +
 +
/*
td.splash .pic{
td.splash .pic{
position:absolute;
position:absolute;
Line 270: Line 309:
}  
}  
-
 
+
*/
</style>
</style>
Line 316: Line 355:
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchDesignedTALregulators'><span>Designed TAL regulators</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchDesignedTALregulators'><span>Designed TAL regulators</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchMutualRepressorSwitch'><span>Mutual repressor switch</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchMutualRepressorSwitch'><span>Mutual repressor switch</span></a></li>  
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchPositiveFeedbackLoopSwitch'><span>Positive feedback loop switch</span></a></li>  
+
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchPositiveFeedbackLoopSwitch'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchPositiveFeedbackLoopSwitch';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Positive feedback loop switch</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-15px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
 +
    <li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchControls'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitchControls';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Controls</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-81px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>  
  </ul>
  </ul>
</li>
</li>
Line 324: Line 364:
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsEscapeTag'><span>Escape tag</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsEscapeTag'><span>Escape tag</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsTermination'><span>Termination</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsTermination'><span>Termination</span></a></li>  
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsMicrocapsuleDegradation'><span>Microcapsule degradation</span></a></li>  
+
    <li><a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsMicrocapsuleDegradation"><table  onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanismsMicrocapsuleDegradation';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Microcapsule degradation</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-15px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>  
  </ul>
  </ul>
</li>
</li>
Line 332: Line 372:
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ImplementationHepatitisC'><span>Hepatitis C</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ImplementationHepatitisC'><span>Hepatitis C</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ImplementationIschaemicHeartDisease'><span>Ischaemic heart disease</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ImplementationIschaemicHeartDisease'><span>Ischaemic heart disease</span></a></li>  
 +
    <li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ImplementationImpact'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ImplementationImpact';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Impact</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-86px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
 
 
  </ul>
  </ul>
Line 339: Line 380:
  <ul>
  <ul>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling'><span>Overview</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling'><span>Overview</span></a></li>
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingPK'><span>Pharmacokinetics</span></a></li>
+
    <li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingPK'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingPK';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Pharmacokinetics</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-15px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingMethods'><span>Modeling methods</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingMethods'><span>Modeling methods</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingMutualRepressorSwitch'><span>Mutual repressor switch</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingMutualRepressorSwitch'><span>Mutual repressor switch</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingPositiveFeedbackLoopSwitch'><span>Positive feedback loop switch</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingPositiveFeedbackLoopSwitch'><span>Positive feedback loop switch</span></a></li>
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingQuantitativeModel'><span>Quantitative and stability model</span></a></li>
+
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingQuantitativeModel'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingQuantitativeModel';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Experimental model</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-15px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
 +
    <li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingInteractiveSimulations'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/ModelingInteractiveSimulations';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Interactive simulations</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-15px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
  </ul>
  </ul>
</li>
</li>
Line 354: Line 396:
  <ul>
  <ul>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Notebook'><span>Experimental methods</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Notebook'><span>Experimental methods</span></a></li>
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/NotebookLablog'><span>Lablog</span></a></li>
+
    <li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/NotebookLablog'><table onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/NotebookLablog';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Lablog</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-90px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/NotebookLabSafety'><span>Lab safety</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/NotebookLabSafety'><span>Lab safety</span></a></li>  
  </ul>
  </ul>
Line 363: Line 405:
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society'><span>Human practice</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society'><span>Human practice</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyScientists'><span>Scientists</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyScientists'><span>Scientists</span></a></li>
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyMedicalDoctors'><span>Medical doctors</span></a></li>
+
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyMedicalDoctors'><span>Physicians</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics'><span>Ethics, safety and regulations</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics'><span>Ethics, safety and regulations</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyPatients'><span>Patients</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyPatients'><span>Patients</span></a></li>
-
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyMedia'><span>Media and general public</span></a></li>  
+
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyMedia'><span>Journalists and general public</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyOutreach'><span>Outreach</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyOutreach'><span>Outreach</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyQuestionnaire'><span>Questionnaire</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyQuestionnaire'><span>Questionnaire</span></a></li>  
Line 377: Line 419:
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Team'><span>Team members</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Team'><span>Team members</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamAttributions'><span>Attributions</span></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamAttributions'><span>Attributions</span></a></li>
 +
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamCollaborations'><table  onclick="window.location = 'https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamCollaborations';" class="newtable"><tr class="newtable"><td class="newtable"><span>Collaborations</span></td><td class="newtable"><img style="margin-right:-20px;" width="25px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/e/ee/Svn12_hp_new.png"></img></td></tr></table></a></li>
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamGallery'><span>Gallery</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamGallery'><span>Gallery</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamSponsors'><span>Sponsors</span></a></li>  
<li><a href='https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TeamSponsors'><span>Sponsors</span></a></li>  
Line 389: Line 432:
<div id="main">
<div id="main">
<br/>
<br/>
 +
 +
<!-- dummy link na bannerju -->
 +
<a href="https://2012.igem.org/Main_Page">
 +
<div id="dummy" style="background-color:transparent; position:absolute; left:870px; top:25px; width:115px; height:80px; z-index:100; opacity:0.0;">
 +
</div>
 +
</a>
 +
<!-- ikona za ang prevod -->
<!-- ikona za ang prevod -->
Line 400: Line 450:
<strong style="font-size:120%;">Izziv</strong><br/>
<strong style="font-size:120%;">Izziv</strong><br/>
<br />
<br />
-
<p>Biološka zdravila, kot so hormoni, encimi, citokini ter protitelesa, se čedalje pogosteje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni. Ker poteka zdravljenje z biološkimi zdravili sistemsko (npr. zdravilo se injicira v kri, tako da doseže celotno telo, ne le obolelega tkiva), ima mnogokrat lahko stranske učinke. Poleg tega cena bioloških zdravil predstavlja hudo breme zdravstveni blagajni.</p>
+
<p>Biološka zdravila, kot so hormoni, encimi, citokini ter protitelesa, se vse bolj pogosto uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni. Ker poteka zdravljenje z biološkimi zdravili sistemsko (npr. zdravilo se injicira v kri, tako da doseže celotno telo, ne le obolelega tkiva), ima mnogokrat lahko stranske učinke. Poleg tega cena bioloških zdravil predstavlja hudo breme zdravstveni blagajni.</p>
-
 
+
<p>Naš cilj je bil razviti varen in cenovno ugoden sistem za produkcijo ter dostavo bioloških zdravil, ki bi izboljšal kakovost življenja mnogim pacientom. Zaradi lokalne aplikacije bi bili neželeni stranski učinki zmanjšani, pacienti pa bi se lažje držali režima terapije. Prav tako bi naš sistem zmanjšal število invazivnih zdravniških posegov, hkrati pa omogočil napredno večstopenjsko zdravljenje.</p>
<p>Naš cilj je bil razviti varen in cenovno ugoden sistem za produkcijo ter dostavo bioloških zdravil, ki bi izboljšal kakovost življenja mnogim pacientom. Zaradi lokalne aplikacije bi bili neželeni stranski učinki zmanjšani, pacienti pa bi se lažje držali režima terapije. Prav tako bi naš sistem zmanjšal število invazivnih zdravniških posegov, hkrati pa omogočil napredno večstopenjsko zdravljenje.</p>
-
 
<p>Sistem za produkcijo in dostavo bioloških zdravil smo načrtovali v obliki mikroenkapsuliranih sesalskih celic, ki bi jih lahko kontrolirali ter jih usmerili v produkcijo različnih zdravil. Tak sistem bi bil zanesljiv, cenovno učinkovit in varen.</p>
<p>Sistem za produkcijo in dostavo bioloških zdravil smo načrtovali v obliki mikroenkapsuliranih sesalskih celic, ki bi jih lahko kontrolirali ter jih usmerili v produkcijo različnih zdravil. Tak sistem bi bil zanesljiv, cenovno učinkovit in varen.</p>
Line 411: Line 459:
<!-- /summary table -->
<!-- /summary table -->
 +
<br />
<!-- splash table -->
<!-- splash table -->
<table class="splash" align="center">
<table class="splash" align="center">
<tbody  class="splash">
<tbody  class="splash">
-
 
<tr class="splash">
<tr class="splash">
 +
 +
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/3/38/Svn12_stikalo.png" width="300"  height="300" style="left:0px; top:0px;"/></a>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/3/38/Svn12_stikalo.png" width="300"  height="300" /></a>
-
<div class="ttip" style="top:100px;">
+
<div class="ttip">
<strong>Stikalo: nov tip ortogonalnega preklopnega stikala</strong>
<strong>Stikalo: nov tip ortogonalnega preklopnega stikala</strong>
-
<p>S pomočjo DNA-vezavnih proteinov smo pripravili <b>nov tip bistabilnega preklopnega stikala za sesalske celice</b>, ki omogoča tudi razširitev v več ortogonalnih stikal in na ta način pripravo kompleksnih logičnih naprav. Ugotovili smo, da je <b>klasična shema preklopnih stikal neučinkovita</b>, če uporabimo kot represorje efektorje TAL, saj se ti vežejo na DNA nekooperativno kot monomeri. Ta problem smo rešili tako, da smo pripravili stikalo, sestavljeno iz para medsebojnih represorjev (TAL:KRAB), sklopljenega s parom aktivatorjev (TAL:VP16), ki tvorita <b>pozitivno povratno zanko</b>. Eksperimentalno smo potrdili, da lahko takšen sistem v sesalskih celicah vodi do bistabilnega stanja, ki ga lahko nadzorujemo s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch">Preberi več...</a>
+
<p>S pomočjo DNA-vezavnih proteinov smo pripravili <b>nov tip bistabilnega preklopnega  
 +
stikala za sesalske celice</b>, ki omogoča tudi razširitev v več ortogonalnih stikal  
 +
in na ta način pripravo kompleksnih logičnih naprav. Ugotovili smo, da je <b>klasična
 +
shema preklopnih stikal neučinkovita</b>, če uporabimo kot represorje efektorje TAL,  
 +
saj se ti vežejo na DNA nekooperativno kot monomeri. Ta problem smo rešili tako, da  
 +
smo pripravili stikalo, sestavljeno iz para medsebojnih represorjev (TAL:KRAB),  
 +
sklopljenega s parom aktivatorjev (TAL:VP16), ki tvorita <b>pozitivno povratno zanko</b>.  
 +
Eksperimentalno smo potrdili, da lahko takšen sistem v sesalskih celicah vodi do bistabilnega stanja,  
 +
ki ga lahko nadzorujemo s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/TheSwitch">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/f8/Svn12_varnost.png" width="300" height="300" style="left:300px; top:0px;"/></a>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/f8/Svn12_varnost.png" width="300" height="300"/></a>
-
<div class="ttip" style="top:100px;">
+
<div class="ttip">
<strong>Varnost</strong>
<strong>Varnost</strong>
<p>Da bi bil naš sistem mikroenkapsuliranih sesalskih celic povsem varen za paciente, smo načrtovali več varnostnih mehanizmov. Tako se bodo alginatne mikrokapsule po koncu terapije lahko varno razgradile, v terapevtskih celicah pa se bo nadzorovano sprožila apoptoza oz. programirana celična smrt. Za vsak slučaj, da ne bi katera od celic nenadzorovano ušla iz mikrokapsule, pa smo celice opremili tudi z oznako, ki omogoča učinkovito odstranitev terapevtskih celic s pomočjo telesu lastnih imunskih celic, t.i. naravnih ubijalk. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms">Preberi več...</a></p>
<p>Da bi bil naš sistem mikroenkapsuliranih sesalskih celic povsem varen za paciente, smo načrtovali več varnostnih mehanizmov. Tako se bodo alginatne mikrokapsule po koncu terapije lahko varno razgradile, v terapevtskih celicah pa se bo nadzorovano sprožila apoptoza oz. programirana celična smrt. Za vsak slučaj, da ne bi katera od celic nenadzorovano ušla iz mikrokapsule, pa smo celice opremili tudi z oznako, ki omogoča učinkovito odstranitev terapevtskih celic s pomočjo telesu lastnih imunskih celic, t.i. naravnih ubijalk. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SafetyMechanisms">Preberi več...</a></p>
-
 
-
 
</div>
</div>
</td>
</td>
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/4/42/Svn12_vgradnja.png" width="300" height="300" style="left:600px; top:0px;"/></a>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/4/42/Svn12_vgradnja.png" width="300" height="300" /></a>
-
<div class="ttip" style="top:100px;">
+
<div class="ttip">
-
<strong>Izvedba: napredno zdravljenje različnih bolezni</strong>
+
<strong>Uporaba: napredno zdravljenje različnih bolezni</strong>
<p>Naš sistem smo oblikovali za zdravljenje hepatitisa C ter srčne ishemije. Uporabili smo pet različnih terapevtskih proteinov, za katere je naš farmakokinetični model pokazal, da bi njihova uporaba lahko zmanjšala neželene stranske učinke in izboljšala učinkovitost terapije. Preklop med produkcijo protivirusnih oz. protivnetnih učinkovin ter produkcijo učinkovin, ki bi pospešile regeneracijo obolelega tkiva, bi od zunaj kontroliral zdravnik s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation">Preberi več...</a></p>
<p>Naš sistem smo oblikovali za zdravljenje hepatitisa C ter srčne ishemije. Uporabili smo pet različnih terapevtskih proteinov, za katere je naš farmakokinetični model pokazal, da bi njihova uporaba lahko zmanjšala neželene stranske učinke in izboljšala učinkovitost terapije. Preklop med produkcijo protivirusnih oz. protivnetnih učinkovin ter produkcijo učinkovin, ki bi pospešile regeneracijo obolelega tkiva, bi od zunaj kontroliral zdravnik s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
 +
 +
</tr>
</tr>
Line 448: Line 506:
<tr class="splash">
<tr class="splash">
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/da/Svn12_modeliranje.png" width="300" height="300" style="left:0px; top:300px;"/></a>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/da/Svn12_modeliranje.png" width="300" height="300" /></a>
-
<div class="ttip" style="top:400px;">
+
<div class="ttip2">
<strong>Modeliranje: analiza genskega stikala ter farmakokinetike</strong>
<strong>Modeliranje: analiza genskega stikala ter farmakokinetike</strong>
-
<p>Obsežno matematično modeliranje je pokazalo, da klasično preklopno stikalo ni stabilno brez kooperativnosti. Hkrati je modeliranje pokazalo, da uporaba modularnih DNA-vezavnih transkripcijskih regulatorjev, ki tvorijo dvojno pozitivno povratno zanko, izboljša robustnost stikala. Takšna topologija ne zahteva kooperativnosti, saj je nelinearnost nastane zaradi pozitivne povratne zanke. Farmakokinetični model lokalne dostave terapevtika z mikroenkapsuliranimi celicami predvidi, da bi predlagana terapija lahko zmanjšala neželene stranske učinke. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling">Preberi več...</a></p>
+
<p>Obsežno matematično modeliranje je pokazalo, da klasično preklopno stikalo ni stabilno brez kooperativnosti. Hkrati je modeliranje pokazalo, da uporaba modularnih DNA-vezavnih transkripcijskih regulatorjev, ki tvorijo dvojno pozitivno povratno zanko, izboljša robustnost stikala. Takšna topologija ne zahteva kooperativnosti, saj nelinearnost nastane zaradi pozitivne povratne zanke. Farmakokinetični model lokalne dostave terapevtika z mikroenkapsuliranimi celicami predvidi, da bi predlagana terapija lahko zmanjšala neželene stranske učinke. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Modeling">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/0/09/Svn12_druzba.png" width="300" height="300" style="left:300px; top:300px;"/></a>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/0/09/Svn12_druzba.png" width="300" height="300" /></a>
-
<div class="ttip" style="top:400px;">
+
<div class="ttip2">
-
<strong>Družba: vključenost vseh, na katere lahko vpliva sintezna biologija</strong>
+
<strong>Družba: vključenost vseh, na katere lahko sintezna biologija vpliva</strong>
<p>Pri pripravi našega projekta smo želeli upoštevati mnenja ljudi iz različnih sfer, tako zdravnikov kot pacientov, pripravljalcev in nadzornikov zakonodaje, splošne javnosti, medijev ter znanstvenikov. Z njimi smo se pogovarjali o različnih vidikih našega projekta ter o medicinskih aplikacijah sintezne biologije, saj bodo njihovi pogledi pomembno vplivali na uspešno uvedbo sintezne biologije v klinično prakso. Sintezno biologijo ter njene medicinske in ostale potenciale smo želeli predstaviti tudi mlajšim generacijam, zato smo vspostavili stike tudi z različnimi srednjimi šolami. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society">Preberi več...</a></p>
<p>Pri pripravi našega projekta smo želeli upoštevati mnenja ljudi iz različnih sfer, tako zdravnikov kot pacientov, pripravljalcev in nadzornikov zakonodaje, splošne javnosti, medijev ter znanstvenikov. Z njimi smo se pogovarjali o različnih vidikih našega projekta ter o medicinskih aplikacijah sintezne biologije, saj bodo njihovi pogledi pomembno vplivali na uspešno uvedbo sintezne biologije v klinično prakso. Sintezno biologijo ter njene medicinske in ostale potenciale smo želeli predstaviti tudi mlajšim generacijam, zato smo vspostavili stike tudi z različnimi srednjimi šolami. <a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Society">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
Line 464: Line 522:
<td class="splash">
<td class="splash">
-
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/4/42/Svn12_obeti.png" width="300" height="300" style="left:600px; top:300px;"/></a>
+
<a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics"><img class="pic" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/4/42/Svn12_obeti.png" width="300" height="300" /></a>
-
<div class="ttip" style="top:400px;">
+
<div class="ttip2">
<strong>Obeti: prispevek k drugim aplikacijam ter načrti za prihodnost</strong>
<strong>Obeti: prispevek k drugim aplikacijam ter načrti za prihodnost</strong>
<ul style="padding-left:30px;">
<ul style="padding-left:30px;">
Line 471: Line 529:
<li>namen imamo pripraviti stabilne celične linije, ki bi imele vključene vse komponente stikala z različnimi terapevtskimi učinkovinami in varnostnimi mehanizmi,</li>
<li>namen imamo pripraviti stabilne celične linije, ki bi imele vključene vse komponente stikala z različnimi terapevtskimi učinkovinami in varnostnimi mehanizmi,</li>
<li>načrtovana ortogonalna logika, ki temelji na transkripcijskih faktorjih povezanih z elementi TAL, bo omogočila pripravo desetine ali stotine različnih stikal in doseganje multistabilnih stanj ter drugih kompleksnih logičnih naprav,</li>
<li>načrtovana ortogonalna logika, ki temelji na transkripcijskih faktorjih povezanih z elementi TAL, bo omogočila pripravo desetine ali stotine različnih stikal in doseganje multistabilnih stanj ter drugih kompleksnih logičnih naprav,</li>
-
<li>pričeti želimo s prvimi in vivo poskusi na področju ishemije in celjenja ran..</li>
+
<li>pričeti želimo s prvimi <i>in vivo</i> poskusi na področju ishemije in celjenja ran.</li>
</ul>
</ul>
-
<p><a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/SocietyEthics">Preberi več...</a></p>
+
<p><a href="https://2012.igem.org/Team:Slovenia/Implementation">Preberi več...</a></p>
</div>
</div>
</td>
</td>
</tr>
</tr>
</tbody>
</tbody>
 +
</table>  
</table>  
<!-- end splash-->
<!-- end splash-->
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
Line 490: Line 565:
<strong style="font-size:120%;">Povzetek za nestrokovnjake</strong><br/>
<strong style="font-size:120%;">Povzetek za nestrokovnjake</strong><br/>
<br />
<br />
-
<p>Biološka zdravila se čedalje pogostje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni, saj imajo zaradi bolj specifične narave njihovega delovanja mnogo prednosti pred običajnimi zdravili. Biološka zdravila se ponavadi dajejo intravenozno ali podkožno, zaradi česar se zdravilo razporedi bolj ali manj po celem telesu, čeprav bi bilo mnogokrat zaželjeno, da bi delovalo le na določeno tarčno tkivo oz. organ. Zato ima običajna oblika zdraviljenja mnogokrat nevarne stranske učinke, terapija pa zahteva višje doze zdravila, kar poveča tudi ceno samega zdravljenja. Naša ideja za rešitev tega problema je, da bi direktno v obolelo tkivo vstavili celice, ki bi proizvajale biološko zdravilo. Te terapevtske celice bi bile varno spravljene v zaščitni mikrokapsuli, ki bi preprečila sirjenje teh celic po telesu, hkrati pa jih zaščitila pred imunskim sistemom bolnika, ki bi sicer napadel in uničil telesu tuje celice. Terapevtske celice so sposobne proizvesti različna zdravila, zdravnik pa bi lahko nadzoroval, katero zdravilo bi se proizvajalo glede na fazo bolezni. Razvili smo nov tip stikala, ki omogoča izbiro, katero oz. katera kombinacija bioloških zdravil naj se proizvaja. Terapevtske celice smo prilagodili za zdravljenje hepatitisa C, kjer lahko proizvajajo biološko zdravilo s protivirusnim učinkom, nato pa še zdravilo, ki pospeši regeneracijo jeter. Z namenom terapije po srčnem infarktu pa smo terapevtske celice prilagodili tako, da njihovo delovanje zmanjša škodljivo vnetje ter pospeši tvorbo novih krvnih žil v okolici prizadetega tkiva. Ob koncu terapije (po potrebi pa tudi vmes) lahko zdravnik preko zunanjega signala sproži samouničenje terapevtskih celic in mikrokapsul. Verjamemo, da je naš sistem varen in ucinkovit ter da se ga da prilagoditi za zdravljenje različnih tipov bolezni.</p>
+
<p>Biološka zdravila se čedalje pogostje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni, saj imajo zaradi bolj specifične narave njihovega delovanja mnogo prednosti pred običajnimi zdravili. Biološka zdravila se ponavadi dajejo sistemsko, zaradi česar se zdravilo razporedi bolj ali manj po celem telesu, čeprav bi bilo mnogokrat zaželeno, da bi delovalo le na določeno tarčno tkivo oz. organ. Zato ima običajna oblika zdravljenja mnogokrat nevarne stranske učinke, terapija pa zahteva višje doze zdravila, kar poveča tudi ceno zdravljenja. Naša ideja za rešitev tega problema je, da bi direktno v obolelo tkivo vstavili celice, ki bi proizvajale biološko zdravilo. Te terapevtske celice bi bile varno spravljene v zaščitni mikrokapsuli, ki bi preprečila širjenje teh celic po telesu, hkrati pa bi jih zaščitila pred imunskim sistemom bolnika, ki bi sicer napadel in uničil telesu tuje celice. Razvili smo biološko napravo, ki terapevtskim celicam omogoča, da proizvedejo različna zdravila, zdravnik pa bi lahko nadzoroval, katero zdravilo bi se proizvajalo glede na fazo bolezni. Terapevtske celice smo prilagodili z namenom zdravljenja hepatitisa C, tako da lahko proizvajajo biološko zdravilo s protivirusnim učinkom, nato pa še zdravilo, ki pospeši regeneracijo jeter. Z namenom terapije po srčnem infarktu pa smo terapevtske celice prilagodili tako, da njihovo delovanje zmanjša škodljivo vnetje ter pospeši tvorbo novih krvnih žil v okolici prizadetega tkiva. Ob koncu terapije (po potrebi pa tudi vmes) lahko zdravnik preko zunanjega signala sproži samouničenje terapevtskih celic in mikrokapsul. Verjamemo, da je naš sistem varen in učinkovit ter da bi se ga dalo prilagoditi za zdravljenje različnih tipov bolezni.</p>
</td>
</td>
Line 510: Line 585:
<strong>Dosežki (bolj podrobno):</strong>
<strong>Dosežki (bolj podrobno):</strong>
<ul style="padding-left: 30px;">
<ul style="padding-left: 30px;">
-
<li>prvi smo eksperimentalno pokazali delovanje bistabilnega preklopnega stikala, ki temelji na nekooperativnih DNA-vezavnih proteinih, ter bistabilnega stikala, ki temelji na načrtovanih DNA-vezavnih proteinih,</li>
+
<li>Prvi smo eksperimentalno pokazali delovanje bistabilnega preklopnega stikala v sesalskih celicah, ki temelji na nekooperativnih DNA-vezavnih proteinih, ter bistabilnega stikala, ki temelji na načrtovanih DNA-vezavnih proteinih.</li>
-
<li>pripravili in preizkusili smo bistabilno preklopno stikalo za sesalske celice, osnovano na ortogonalnih TAL-represorjih in aktivatorjih,</li>
+
<li>V sesalskih celicah smo pripravili in preizkusili bistabilno preklopno stikalo, osnovano na ortogonalnih TAL-represorjih in aktivatorjih.</li>
-
<li>modeliranje je pokazalo izboljšanje robustnosti stikala, osnovanega na pozitivni povratni zanki, z ozirom na puščanje transkripcije</li>
+
<li>Matematično modeliranje je pokazalo izboljšanje robustnosti stikala, osnovanega na pozitivni povratni zanki, tudi ob upoštevanju puščanja transkripcije.</li>
-
<li>v mikroenkapsulirane sesalske celice smo vgradili tri varnostne mehanizme:  
+
<li>V mikroenkapsulirane sesalske celice smo vgradili tri varnostne mehanizme:  
<ul class="circle" style="padding-left: 50px;">
<ul class="circle" style="padding-left: 50px;">
<li>oznako, ki omogoča uničenje iz mikrokapsul pobeglih celic s pomočjo celic naravnih ubijalk;</li>
<li>oznako, ki omogoča uničenje iz mikrokapsul pobeglih celic s pomočjo celic naravnih ubijalk;</li>
-
<li>sekretorno alginat liazo, ki razgradi alginatne mikrokapsule,</li>
+
<li>sekretorno alginat liazo, ki razgradi alginatne mikrokapsule;</li>
-
<li>sistem za sprožitev programirane celične smrti terapevtskih celic ob dodatku ganciklovirja,</li>
+
<li>sistem za sprožitev programirane celične smrti terapevtskih celic ob dodatku ganciklovirja.</li>
</ul>
</ul>
</li>
</li>
-
<li>predvideli smo kombinacijo dveh bioloških zdravil (interferon alfa ter rastni faktor hepatocitov) za zdravljenje hepatitisa C, saj lahko na tak način v prvi fazi zdravljenja inaktiviramo virus, v naslednji fazi pa olajšamo regeneracijo jeter,</li>
+
<li>Predvideli smo kombinacijo dveh bioloških zdravil (interferona alfa ter rastnega faktorja hepatocitov) za zdravljenje hepatitisa C, saj lahko na tak način v prvi fazi zdravljenja inaktiviramo virus, v naslednji fazi pa spodbudimo regeneracijo jeter.</li>
-
<li>za zdravljenje ishemije smo predvideli kombinacijo večih bioloških zdravil (anakinra, vaskularni endotelijski rastni faktor, rastni faktor iz trombocitov), da bi na tak način najprej zmanjšali neželeno vnetje, nato pa pospešili nastajanje novih krvnih žil v drugi fazi zdravljenja,</li>
+
<li>Za zdravljenje ishemije smo predvideli kombinacijo večih bioloških zdravil (anakinre, vaskularnega endotelijskega rastnega faktorja, rastnega faktorja iz trombocitov), da bi na tak način najprej zmanjšali neželeno vnetje, nato pa v drugi fazi zdravljenja pospešili nastajanje novih krvnih žil.</li>
-
<li>pripravili smo 89 novih konstruktov DNA, ki so kompatibilni s sintezno-biološkim standardom »BioBrick«,</li>
+
<li>Pripravili smo 89 novih konstruktov DNA, ki so kompatibilni s sintezno-biološkim standardom »BioBrick« in smo jih uporabili v načrtovanih bioloških napravah.</li>
-
<li>izboljšali smo enega od že obstoječih standardnih "BioBrick" konstruktov DNA.</li>
+
<li>Izboljšali smo enega od že obstoječih standardnih "BioBrick" konstruktov DNA.</li>
</ul>
</ul>
</td>
</td>
Line 533: Line 608:
<br />
<br />
<br />
<br />
-
<strong style="font-size:120%;font-color:gray;">Project sponsors</strong><br/>
+
<strong style="font-size:120%;font-color:gray;">Sponzorji projekta</strong><br/>
<table class="invisible">
<table class="invisible">
<tbody  class="invisible">
<tbody  class="invisible">
<tr class="invisible">
<tr class="invisible">
-
                <td class="invisible">
+
 
-
<a href="http://enfist.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/1/18/Svn12_sponsors_enfist.png"></img></a><br/><br/><br/>
+
<!--- column 1--->
-
<a href="http://www.sklad-kadri.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/b/b6/Svn12_sponsors_javniskladrs.png"></img></a><br/><br/><br/>
+
<td class="invisible" valign="top" width="300px">
-
<a href="http://www.lek.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/f1/Svn12_sponsors_lek.jpg"></a></img><br/><br/><br/>
+
<a href="http://enfist.si/"><img width="100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/1/18/Svn12_sponsors_enfist.png"></img></a><br/><br/><br/>
-
<a href="http://www.kemomed.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/da/Svn12_sponsors_kemomed.jpg" ></a></img><br/><br/><br/>
+
<a href="http://www.lek.si/"><img width="80%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/f1/Svn12_sponsors_lek.jpg"></a></img><br/><br/><br/>
-
<a href="http://www.roche.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/3/3b/Svn12_sponsors_roche.jpg"></a></img><br/><br/><br/>
+
<a href="http://www.kemomed.si/"><img width="50%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/da/Svn12_sponsors_kemomed.jpg" ></a></img><br/><br/><br/>
-
<a href="http://www.osir.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/7/75/Svn12_sponsors_osir.jpeg"></a></img>
+
<a href="http://www.roche.si/"><img width="50%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/3/3b/Svn12_sponsors_roche.jpg"></a></img><br/><br/><br/>
-
                </td>
+
<a href="http://www.osir.si/"><img width="40%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/7/75/Svn12_sponsors_osir.jpeg"></a></img><br/><br/><br/>
-
                <td class="invisible">
+
<a href="http://www.adria.si/"><img width="40%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/9/9f/Svn12_sponsors_adria.png"></a></img>
-
<a href="http://www.ki.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/7/7e/Svn12_sponsors_ki.png" ></a></img><br/><br/><br/>
+
 
-
<a href="http://www.arrs.gov.si"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/dc/Svn12_sponsors_arrs.gif"></img><br/><br/><br/>
+
</td>
-
<a href="http://www.fri.uni-lj.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/6/6b/Svn12_sponsors_fri.png" ></img></a><br/><br/><br/>
+
 
-
<a href="http://www.krka.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/8/84/Svn12_sponsors_krka.png"></img></a><br/><br/><br/>
+
<!--- column 2--->
-
<a href="http://www.omega.si/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/4/45/Svn12_sponsors_omega.png"></img></a><br/><br/><br/><br/>
+
<td class="invisible"  valign="top" width="300px">
-
<a href="http://eu.idtdna.com/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/9/9e/Svn12_sponsors_itdna.png"></img></a>
+
<a href="http://www.ki.si/"><img width="100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/7/7e/Svn12_sponsors_ki.png" ></a></img><br/><br/><br/>
-
                </td>
+
<a href="http://www.fri.uni-lj.si/"><img width="80%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/6/6b/Svn12_sponsors_fri.png" ></img></a><br/><br/><br/>
-
                </tr>
+
<a href="http://www.mf.uni-lj.si/"><img width="60%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/a/a1/Svn12_sponsors_mf.PNG"/></a><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.krka.si/"><img width="50%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/8/84/Svn12_sponsors_krka.png"></img></a><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.erasynbio.eu/"><img width="60%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/f/ff/Svn12_logo_eransynbio.jpg"></a></img><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.omega.si/"><img width="65%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/4/45/Svn12_sponsors_omega.png"></img></a><br/><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://eu.idtdna.com/"><img width="60%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/9/9e/Svn12_sponsors_itdna.png"></img></a><br/><br/><br/>
 +
</td>
 +
 
 +
 
 +
<!--- column 3--->
 +
<td class="invisible"  valign="top" width="300px">
 +
<a href="http://www.sklad-kadri.si/"><img width="80%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/b/b6/Svn12_sponsors_javniskladrs.png"></img></a><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.arrs.gov.si"><img width="95%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/d/dc/Svn12_sponsors_arrs.gif"></img><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.bf.uni-lj.si/"><img width="65%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/9/97/Svn12_logo_biotech.jpg"></a></img><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.fkkt.uni-lj.si/en/"><img  width="70%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/5/59/Svn12_logo_fkkt.jpg"></img></a><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.eimv.si/"><img width="70%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/5/5f/Svn12_logo_eimv.jpg"></img></a><br/><br/><br/><br/>
 +
<a href="http://www.chemass.si/"><img width="60%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2012/5/5f/Svn12_sponsors_chemass.PNG"></img></a>
 +
</td>
 +
 
</tbody>
</tbody>
</table>  
</table>  
 +

Latest revision as of 03:48, 27 October 2012



Izziv

Biološka zdravila, kot so hormoni, encimi, citokini ter protitelesa, se vse bolj pogosto uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni. Ker poteka zdravljenje z biološkimi zdravili sistemsko (npr. zdravilo se injicira v kri, tako da doseže celotno telo, ne le obolelega tkiva), ima mnogokrat lahko stranske učinke. Poleg tega cena bioloških zdravil predstavlja hudo breme zdravstveni blagajni.

Naš cilj je bil razviti varen in cenovno ugoden sistem za produkcijo ter dostavo bioloških zdravil, ki bi izboljšal kakovost življenja mnogim pacientom. Zaradi lokalne aplikacije bi bili neželeni stranski učinki zmanjšani, pacienti pa bi se lažje držali režima terapije. Prav tako bi naš sistem zmanjšal število invazivnih zdravniških posegov, hkrati pa omogočil napredno večstopenjsko zdravljenje.

Sistem za produkcijo in dostavo bioloških zdravil smo načrtovali v obliki mikroenkapsuliranih sesalskih celic, ki bi jih lahko kontrolirali ter jih usmerili v produkcijo različnih zdravil. Tak sistem bi bil zanesljiv, cenovno učinkovit in varen.


Stikalo: nov tip ortogonalnega preklopnega stikala

S pomočjo DNA-vezavnih proteinov smo pripravili nov tip bistabilnega preklopnega stikala za sesalske celice, ki omogoča tudi razširitev v več ortogonalnih stikal in na ta način pripravo kompleksnih logičnih naprav. Ugotovili smo, da je klasična shema preklopnih stikal neučinkovita, če uporabimo kot represorje efektorje TAL, saj se ti vežejo na DNA nekooperativno kot monomeri. Ta problem smo rešili tako, da smo pripravili stikalo, sestavljeno iz para medsebojnih represorjev (TAL:KRAB), sklopljenega s parom aktivatorjev (TAL:VP16), ki tvorita pozitivno povratno zanko. Eksperimentalno smo potrdili, da lahko takšen sistem v sesalskih celicah vodi do bistabilnega stanja, ki ga lahko nadzorujemo s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. Preberi več...

Varnost

Da bi bil naš sistem mikroenkapsuliranih sesalskih celic povsem varen za paciente, smo načrtovali več varnostnih mehanizmov. Tako se bodo alginatne mikrokapsule po koncu terapije lahko varno razgradile, v terapevtskih celicah pa se bo nadzorovano sprožila apoptoza oz. programirana celična smrt. Za vsak slučaj, da ne bi katera od celic nenadzorovano ušla iz mikrokapsule, pa smo celice opremili tudi z oznako, ki omogoča učinkovito odstranitev terapevtskih celic s pomočjo telesu lastnih imunskih celic, t.i. naravnih ubijalk. Preberi več...

Uporaba: napredno zdravljenje različnih bolezni

Naš sistem smo oblikovali za zdravljenje hepatitisa C ter srčne ishemije. Uporabili smo pet različnih terapevtskih proteinov, za katere je naš farmakokinetični model pokazal, da bi njihova uporaba lahko zmanjšala neželene stranske učinke in izboljšala učinkovitost terapije. Preklop med produkcijo protivirusnih oz. protivnetnih učinkovin ter produkcijo učinkovin, ki bi pospešile regeneracijo obolelega tkiva, bi od zunaj kontroliral zdravnik s pomočjo nizkomolekularnih induktorjev. Preberi več...

Modeliranje: analiza genskega stikala ter farmakokinetike

Obsežno matematično modeliranje je pokazalo, da klasično preklopno stikalo ni stabilno brez kooperativnosti. Hkrati je modeliranje pokazalo, da uporaba modularnih DNA-vezavnih transkripcijskih regulatorjev, ki tvorijo dvojno pozitivno povratno zanko, izboljša robustnost stikala. Takšna topologija ne zahteva kooperativnosti, saj nelinearnost nastane zaradi pozitivne povratne zanke. Farmakokinetični model lokalne dostave terapevtika z mikroenkapsuliranimi celicami predvidi, da bi predlagana terapija lahko zmanjšala neželene stranske učinke. Preberi več...

Družba: vključenost vseh, na katere lahko sintezna biologija vpliva

Pri pripravi našega projekta smo želeli upoštevati mnenja ljudi iz različnih sfer, tako zdravnikov kot pacientov, pripravljalcev in nadzornikov zakonodaje, splošne javnosti, medijev ter znanstvenikov. Z njimi smo se pogovarjali o različnih vidikih našega projekta ter o medicinskih aplikacijah sintezne biologije, saj bodo njihovi pogledi pomembno vplivali na uspešno uvedbo sintezne biologije v klinično prakso. Sintezno biologijo ter njene medicinske in ostale potenciale smo želeli predstaviti tudi mlajšim generacijam, zato smo vspostavili stike tudi z različnimi srednjimi šolami. Preberi več...

Obeti: prispevek k drugim aplikacijam ter načrti za prihodnost
  • Varnostni mehanizmi (oznaka, ki olajša nadzor imunskemu sistemu, nadzorovana razgradnja kapsul ter inducirana smrt terapevtskih celic) omogočajo uporabo tudi za druge terapevtske namene,
  • namen imamo pripraviti stabilne celične linije, ki bi imele vključene vse komponente stikala z različnimi terapevtskimi učinkovinami in varnostnimi mehanizmi,
  • načrtovana ortogonalna logika, ki temelji na transkripcijskih faktorjih povezanih z elementi TAL, bo omogočila pripravo desetine ali stotine različnih stikal in doseganje multistabilnih stanj ter drugih kompleksnih logičnih naprav,
  • pričeti želimo s prvimi in vivo poskusi na področju ishemije in celjenja ran.

Preberi več...

Povzetek za nestrokovnjake

Biološka zdravila se čedalje pogostje uporabljajo za zdravljenje različnih bolezni, saj imajo zaradi bolj specifične narave njihovega delovanja mnogo prednosti pred običajnimi zdravili. Biološka zdravila se ponavadi dajejo sistemsko, zaradi česar se zdravilo razporedi bolj ali manj po celem telesu, čeprav bi bilo mnogokrat zaželeno, da bi delovalo le na določeno tarčno tkivo oz. organ. Zato ima običajna oblika zdravljenja mnogokrat nevarne stranske učinke, terapija pa zahteva višje doze zdravila, kar poveča tudi ceno zdravljenja. Naša ideja za rešitev tega problema je, da bi direktno v obolelo tkivo vstavili celice, ki bi proizvajale biološko zdravilo. Te terapevtske celice bi bile varno spravljene v zaščitni mikrokapsuli, ki bi preprečila širjenje teh celic po telesu, hkrati pa bi jih zaščitila pred imunskim sistemom bolnika, ki bi sicer napadel in uničil telesu tuje celice. Razvili smo biološko napravo, ki terapevtskim celicam omogoča, da proizvedejo različna zdravila, zdravnik pa bi lahko nadzoroval, katero zdravilo bi se proizvajalo glede na fazo bolezni. Terapevtske celice smo prilagodili z namenom zdravljenja hepatitisa C, tako da lahko proizvajajo biološko zdravilo s protivirusnim učinkom, nato pa še zdravilo, ki pospeši regeneracijo jeter. Z namenom terapije po srčnem infarktu pa smo terapevtske celice prilagodili tako, da njihovo delovanje zmanjša škodljivo vnetje ter pospeši tvorbo novih krvnih žil v okolici prizadetega tkiva. Ob koncu terapije (po potrebi pa tudi vmes) lahko zdravnik preko zunanjega signala sproži samouničenje terapevtskih celic in mikrokapsul. Verjamemo, da je naš sistem varen in učinkovit ter da bi se ga dalo prilagoditi za zdravljenje različnih tipov bolezni.

Dosežki (bolj podrobno):
  • Prvi smo eksperimentalno pokazali delovanje bistabilnega preklopnega stikala v sesalskih celicah, ki temelji na nekooperativnih DNA-vezavnih proteinih, ter bistabilnega stikala, ki temelji na načrtovanih DNA-vezavnih proteinih.
  • V sesalskih celicah smo pripravili in preizkusili bistabilno preklopno stikalo, osnovano na ortogonalnih TAL-represorjih in aktivatorjih.
  • Matematično modeliranje je pokazalo izboljšanje robustnosti stikala, osnovanega na pozitivni povratni zanki, tudi ob upoštevanju puščanja transkripcije.
  • V mikroenkapsulirane sesalske celice smo vgradili tri varnostne mehanizme:
    • oznako, ki omogoča uničenje iz mikrokapsul pobeglih celic s pomočjo celic naravnih ubijalk;
    • sekretorno alginat liazo, ki razgradi alginatne mikrokapsule;
    • sistem za sprožitev programirane celične smrti terapevtskih celic ob dodatku ganciklovirja.
  • Predvideli smo kombinacijo dveh bioloških zdravil (interferona alfa ter rastnega faktorja hepatocitov) za zdravljenje hepatitisa C, saj lahko na tak način v prvi fazi zdravljenja inaktiviramo virus, v naslednji fazi pa spodbudimo regeneracijo jeter.
  • Za zdravljenje ishemije smo predvideli kombinacijo večih bioloških zdravil (anakinre, vaskularnega endotelijskega rastnega faktorja, rastnega faktorja iz trombocitov), da bi na tak način najprej zmanjšali neželeno vnetje, nato pa v drugi fazi zdravljenja pospešili nastajanje novih krvnih žil.
  • Pripravili smo 89 novih konstruktov DNA, ki so kompatibilni s sintezno-biološkim standardom »BioBrick« in smo jih uporabili v načrtovanih bioloških napravah.
  • Izboljšali smo enega od že obstoječih standardnih "BioBrick" konstruktov DNA.


Sponzorji projekta