Team:Cambridge/Project/Results

From 2012.igem.org

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-
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AACAAAATTCTCCAGTCTTCACATCGGTTTGAAAGGAGGAAGCGGAAGAA 50
 
                                                                                  
                                                                                  
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            ---------------------------NNNNNNNNNNNAANNNNNNNA-- 21
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGAAGTAAGAGGGATTTTTGACTCCGAAGTAAGTCTTCAAAAAATCAAAT 100
+
-
                                                                               
+
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+
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Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAGGAGTGTCAAGAATGTTTGCAAAACGATTCAAAACCTCTTTACTGCCG 150
+
-
                                                                               
+
-
 
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Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTATTCGCTGGATTTTTATTGCTGTTTCATTTGGTTCTGGCAGGACCGGC 200
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GGCTGCGAGTGCTGAAACGGCGAACAAATCGAATGAGCTTACAGCACCGT 250
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGATCAAAAGCGGAACCATTCTTCATGCATGGAATTGGTCGTTCAATACG 300
+
-
                                                                               
+
-
 
+
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Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTAAAACACAATATGAAGGATATTCATGATGCAGGATATACAGCCATTCA 350
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACATCTCCGATTAACCAAGTAAAGGAAGGGAATCAAGGAGATAAAAGCA 400
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGTCGAACTGGTACTGGCTGTATCAGCCGACATCGTATCAAATTGGCAAC 450
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGTTACTTAGGTACTGAACAAGAATTTAAAGAAATGTGTGCAGCCGCTGA 500
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGAATATGGCATAAAGGTCATTGTTGACGCGGTCATCAATCATACCACCA 550
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGATTATGCCGCGATTTCCAATGAGGTTAAGAGTATTCCAAACTGGACA 600
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATGGAAACACACAAATTAAAAACTGGTCTGATCGGATCCTAGAAGCTTA 650
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCATCGGCAATAGTTACCCTCTCTC 700
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TAGCTTGAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCT 750
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAAT 800
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCGCCGCTCTAGCTAAGCAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTGCG 850
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTTCTACAAACTCTTGTTAACTCTAGAGCTGCCTGCCGCGTTTCGGTGAT 900
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAAGATCTTCCCGATGATTAATTAATTCAGAACGCTCGGTTGCCGCCGGG 950
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGTTTTTTATGCAGCAATGGCAAGAACGTTGCTCTAGAATAATTCTACAC 1000
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCCCAGTCCAGACTATTCGGCACTGAAATTATGGGTGAAGTGGTCAAGA 1050
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCCCAGTCCAGACTATTCGGCACTGAAATTATGGGTGAAGTGGTCAAGA 1050
-
                                                                               
+
                                                            .. ......**.....  * 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            ---------------------------------------NNNNNNNTNTN 32
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCTCACTAGGCACCTTAAAAATAGCGCACCCTGAAGAAGATTTATTTGAG 1100
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCTCACTAGGCACCTTAAAAATAGCGCACCCTGAAGAAGATTTATTTGAG 1100
-
                                                                               
+
                                                                      ... ..*.:.
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            GTN--CNNT----------------------------------------- 39
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTAGCCCTTGCCTACCTAGCTTCCAAGAAAGATATCCTAACAGCACAAGA 1150
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTAGCCCTTGCCTACCTAGCTTCCAAGAAAGATATCCTAACAGCACAAGA 1150
-
                                                                               
+
                              **  * .*                                       
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            -----------TTNNNNTCTN-------------CTAANTNTNAGNGCTC 65
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCGGAAAGATGTTTTGTTCTACATCCAGAACAACCTAATTGTGAGCGCTC 1200
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCGGAAAGATGTTTTGTTCTACATCCAGAACAACCTAATTGTGAGCGCTC 1200
-
                                                                               
+
                                          **....***              ****.*.*.** ****
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            NNAATTTTTTGNNNAATTNNTNANNNTTTATCTACN-GGTGTGTCAT-AT 113
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACAATTTTTTGCAAAAAGTTGTTGACTTTATCTACAAGGTGTGGCATAAT 1250
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACAATTTTTTGCAAAAAGTTGTTGACTTTATCTACAAGGTGTGGCATAAT 1250
-
                                                                               
+
                                *********  **: .. .:.  *********  ****** *** **
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            GTNTGGAANNNCNANNAGCTCACAATTAANGGATGAATTCN-AATGGTGA 162
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGTGGAATTGTGAGCGGCTCACAATTAAAGGAGGAATTCAAAATGGTGA 1300
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGTGGAATTGTGAGCGGCTCACAATTAAAGGAGGAATTCAAAATGGTGA 1300
-
                                                                               
+
                              **.*****... .*. .************ *** ******  ********
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            GCAAGGGCGANGAGCTGTTCACCGGGGTGGNGCCCATCCTGGTCGAGCTG 212
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTG 1350
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTG 1350
-
                                                                               
+
                              **********.*******************.*******************
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            GACGGCGACGNGANCGGCNACAAGTTCATCGTGTCCTNCGAGGGCGAGGG 262
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGG 1400
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGG 1400
-
                                                                               
+
                              **********.** **** ********* ******* .************
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            CGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCTTGAAGTTCATCTG-ACCACCGGCA 311
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCA 1450
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCA 1450
-
                                                                               
+
                              ************************* ************* **********
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            AGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCNTCGTGACCACCCTGACTTGGGGCGTG 361
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTGGGGCGTG 1500
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTGGGGCGTG 1500
-
                                                                               
+
                              *********************** **************** *********
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            CANTGCTTCTNCCGCTACCCCGACCACATGAAGCANCANGACTTCTTCAN 411
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAA 1550
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAA 1550
-
                                                                               
+
                              **.******:.************************.** **********
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            TTCCGCCATGCCCGAAGGCTACTTCNAGNAGCTCACCNTCTTCTTNAAGG 461
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGG 1600
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGG 1600
-
                                                                               
+
                                ********************* ** **.*** **** ******* ****
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            ACNACGGCAACTACAT--------------TNAN---------------- 481
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACC 1650
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACC 1650
-
                                                                               
+
                              **.************:              *.*               
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
seq                            --------------------------------------------------
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAA 1700
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAA 1700
                                                                                  
                                                                                  
 +
</pre>
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
<pre>CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACATCAGCCACAACGTCTATA 1750
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCACCGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGC 1800
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAA 1850
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGA 1900
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATG 1950
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGA 2000
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCTGTACAAGTAATAACCAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAA 2050
+
-
                                                                               
+
-
 
+
-
Rat3                          --------------------------------------------------
+
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCTACT 2100
+
                                                                                  
                                                                                  
Line 289: Line 181:
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TATGCCGGTGTCTCTTATCAGACCGTTTCCCGCGTGGTGAACCAGGCCAG 3390
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TATGCCGGTGTCTCTTATCAGACCGTTTCCCGCGTGGTGAACCAGGCCAG 3390
                                   **..... . *. .  .  ....  . ....             
                                   **..... . *. .  .  ....  . ....             
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCACGTTTCTGCGAAAACGCGGGAAAAAGTGGAAGCGGCGATGGCGGAGC 3440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGAATTACATTCCCAACCGCGTGGCACAACAACTGGCGGGCAAACAGTCG 3490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTGCTGATTGGCGTTGCCACCTCCAGTCTGGCCCTGCACGCGCCGTCGCA 3540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AATTGTCGCGGCGATTAAATCTCGCGCCGATCAACTGGGTGCCAGCGTGG 3590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGGTGTCGATGGTAGAACGAAGCGGCGTCGAAGCCTGTAAAGCGGCGGTG 3640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CACAATCTTCTCGCGCAACGCGTCAGTGGGCTGATCATTAACTATCCGCT 3690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GGATGACCAGGATGCCATTGCTGTGGAAGCTGCCTGCACTAATGTTCCGG 3740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGTTATTTCTTGATGTCTCTGACCAGACACCCATCAACAGTATTATTTTC 3790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCCCATGAAGACGGTACGCGACTGGGCGTGGAGCATCTGGTCGCATTGGG 3840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCACCAGCAAATCGCGCTGTTAGCGGGCCCATTAAGTTCTGTCTCGGCGC 3890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCTGCGTCTGGCTGGCTGGCATAAATATCTCACTCGCAATCAAATTCAG 3940
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCGATAGCGGAACGGGAAGGCGACTGGAGTGCCATGTCCGGTTTTCAACA 3990
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AACCATGCAAATGCTGAATGAGGGCATCGTTCCCACTGCGATGCTGGTTG 4040
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCAACGATCAGATGGCGCTGGGCGCAATGCGCGCCATTACCGAGTCCGGG 4090
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGCGCGTTGGTGCGGATATCTCGGTAGTGGGATACGACGATACCGAAGA 4140
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGCTCATGTTATATCCCGCCGTCAACCACCATCAAACAGGATTTTCGCC 4190
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGCTGGGGCAAACCAGCGTGGACCGCTTGCTGCAACTCTCTCAGGGCCAG 4240
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCGGTGAAGGGCAATCAGCTGTTGCCCGTCTCACTGGTGAAAAGAAAAAC 4290
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CACCCTGGCGCCCAATACGCAAACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATT 4340
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATTAATGCAGCTGGCACGACAGGTTTCCCGACTGGAAAGCGGGCAGTAA 4390
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTT 4440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGTTCAACAAACGAAAATTGGATAAAGTGGGATATTTTTAAAATATATAT 4490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTATGTTACAGTAATATTGACTTTTAAAAAAGGATTGATTCTAATGAAGA 4540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAGCAGACAAGTAAGCCTCCTAAATTCACTTTAGATAAAAATTTAGGAGG 4590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATATCAAATGAACTTTAATAAAATTGATTTAGACAATTGGAAGAGAAAA 4640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAGATATTTAATCATTATTTGAACCAACAAACGACTTTTAGTATAACCAC 4690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGAAATTGATATTAGTGTTTTATACCGAAACATAAAACAAGAAGGATATA 4740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AATTTTACCCTGCATTTATTTTCTTAGTGACAAGGGTGATAAACTCAAAT 4790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACAGCTTTTAGAACTGGTTACAATAGCGACGGAGAGTTAGGTTATTGGGA 4840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TAAGTTAGAGCCACTTTATACAATTTTTGATGGTGTATCTAAAACATTCT 4890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGGTATTTGGACTCCTGTAAAGAATGACTTCAAAGAGTTTTATGATTTA 4940
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TACCTTTCTGATGTAGAGAAATATAATGGTTCGGGGAAATTGTTTCCCAA 4990
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AACACCTATACCTGAAAATGCTTTTTCTCTTTCTATTATTCCATGGACTT 5040
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATTTACTGGGTTTAACTTAAATATCAATAATAATAGTAATTACCTTCTA 5090
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCCATTATTACAGCAGGAAAATTCATTAATAAAGGTAATTCAATATATTT 5140
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACCGCTATCTTTACAGGTACATCATTCTGTTTGTGATGGTTATCATGCAG 5190
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GATTGTTTATGAACTCTATTCAGGAATTGTCAGATAGGCCTAATGACTGG 5240
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTTTTATAATATGAGATAATGCCGACTGTACTTTTTACAGTCGGTTTTCT 5290
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AATGTCACTAACCTGCCCCGTTAGTTGAAGAAGGTTTTTATATTACAGCT 5340
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCAGATCCTCTACGCCGGACGCATCGTGGCCGGCATCACCGGCGCCACAG 5390
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGCGGTTGCTGGCGCCTATATCGCCGACATCACCGATGGGGAAGATCGG 5440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCTCGCCACTTCGGGCTCATGAGCGCTTGTTTCGGCGTGGGTATGGTGGC 5490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGGCCCCGTGGCCGGGGGACTGTTGGGCGCCATCTCCTTGCATGCACCAT 5540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCCTTGCGGCGGCGGTGCTCAACGGCCTCAACCTACTACTGGGCTGCTTC 5590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTAATGCAGGAGTCGCATAAGGGAGAGCGTCGACATGGATGAGCGATGAT 5640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GATATCCGTTTAGGCTGGGCGGTGATAGCTTCTCGTTCAGGCAGTACGCC 5690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCTTTTCTTTTCCAGACCTGAGGGAGGCGGAAATGGTGTGAGGTTCCCGG 5740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GGAAAAGCCAAATAGGCGATCGCGGGAGTGCTTTATTTGAAGATCAGGCT 5790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATCACTGCGGTCAATAGATTTCACAATGTGATGGCTGGACAGCCTGAGGA 5840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACTCTCGAACCCGAATGGAAACAACCAGATATTTATGAATCAGCGCGGCT 5890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CACATGGCGTTGTGCTGGCAAATGCAGGTTCATCCTCTGTCTCTATCAAT 5940
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACGGCAACAAAATTGCCTGATGGCAGGTATGACAATAAAGCTGGAGCGGG 5990
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTCATTTCAAGTGAACGATGGTAAACTGACAGGCACGATCAATGCCAGGT 6040
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGTAGCTGTGCTTTATCCTGATGATATTGCAAAAGCGCCTCATGTTTTC 6090
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTTGAGAATTACAAAACAGGTGTAACACATTCTTTCAATGATCAACTGAC 6140
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GATTACCTTGCGTGCAGATGCGAATACAACAAAAGCCGTTTATCAAATCA 6190
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATAATGGACCAGACGACAGGCGTTTAAGGATGGAGATCAATTCACAATCG 6240
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAAAAGGAGATCCAATTTGGCAAAACATACACCATCATGTTAAAAGGAAC 6290
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAACAGTGATGGTGTAACGAGGACCGAGAAATACAGTTTTGTTAAAAGAG 6340
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATCCAGCGTCGGCCAAAACCATCGGCTATCAAAATCCGAATCATTGGAGC 6390
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGGTAAATGCTTATATCTATAAACATGATGGGAGCCGAGTAATTGAATT 6440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACCGGATCTTGGCCTGGAAAACCAATGACTAAAAATGCAGACGGAATTT 6490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACACGCTGACGCTGCCTGCGGACACGGATACAACCAACGCAAAAGTGATT 6540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTTAATAATGGCAGCGCCCAAGTGCCCGGTCAGAATCAGCCTGGCTTTGA 6590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTACGTGCTAAATGGTTTATATAATGACTCGGGCTTAAGCGGTTCTCTTC 6640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCCATTGAGGGCAAGGCTAGACGGGACTTACCGAAAGAAACCATCAATGA 6690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGGTTTCTTTTTTGTTCATAAATCAGACAAAACTTTTCTCTTGCAAAAGT 6740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTGTGAAGTGTTGCACAATATAAATGTGCGAAACGATCCTCATCCTGTCT 6790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTTGATCCATGGATTACGCGTTAACCCGGGCCCGCGGATGCATATGATCA 6840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GATCTTAAGGCCTAGGTCTAGAGGATCGATCTGTATAATAAAGAATAATT 6890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATTAATCTGTAGACAAATTGTGAAAGGATGTACTTAAACGCTAACGGTCA 6940
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCTTTATTGAACAGTAATTTAAGTATATGTCCAATCTAGGGTAAGTAAAT 6990
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGAGTATCAATATAAACTTTATATGAACATAATCAACGAGGTGAAATCAT 7040
 
-
                                                                               
 
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-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAGCAATTTGATTAACGGAAAAATACCAAATCAAGCGATTCAAACATTAA 7090
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAATCGTAAAAGATTTATTTGGAAGTTCAATAGTTGGAGTATATCTATTT 7140
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GGTTCAGCAGTAAATGGTGGTTTACGCATTAACAGCGATGTAGATGTTCT 7190
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGTCGTCGTGAATCATAGTTTACCTCAATTAACTCGAAAAAAACTAACAG 7240
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAAGACTAATGACTATATCAGGAAAGATTGGAAATACGGATTCTGTTAGA 7290
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCACTTGAAGTTACGGTTATAAATAGGAGTGAAGTTGTCCCTTGGCAATA 7340
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCCTCCAAAAAGAGAATTTATATACGGTGAGTGGCTCAGGGGTGAATTTG 7390
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGAATGGACAAATTCAGGAACCAAGCTATGATCCTGATTTGGCTATTGTT 7440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTAGCACAAGCAAGAAAGAATAGTATTTCTCTATTTGGTCCTGATTCTTC 7490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAGTATACTTGTCTCCGTACCTTTGACAGATATTCGAAGAGCAATTAAGG 7540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATTCTTTGCCAGAACTAATTGAGGGGATAAAAGGTGATGAGCGTAATGTA 7590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATTTTAACCCTAGCTCGAATGTGGCAAACAGTGACTACTGGTGAAATTAC 7640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTCGAAAGATGTCGCTGCAGAATGGGCTATACCTCTTTTACCTAAAGAGC 7690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATGTAACTTTACTGGATATAGCTAGAAAAGGCTATCGGGGAGAGTGTGAT 7740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GATAAGTGGGAAGGACTATATTCAAAGGTGAAAGCACTCGTTAAGTATAT 7790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAAAAATTCTATAGAAACTTCTCTCAATTAGGCTAATTTTATTGCAATAA 7840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGGTGCTTACTTTTCTGGAGTTCTTTAGCAAATTTTTTTATTAGCTGAA 7890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTTAGTATTAGTGGCCATACTCCTCCAATCCAAAGCTATTTAGAAAGATT 7940
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACTATATCCTCAAACAGGCGGTAACCGGCCTCTTCATCGGGAATGCGCGC 7990
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACCTTCAGCATCGCCGGCATGTCCCCCTGGCGGACGGGAAGTATCCAGC 8040
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCGAGGTCGGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTG 8090
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACA 8140
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTC 8190
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTT 8240
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCG 8290
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCA 8340
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGG 8390
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGC 8440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAA 8490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGC 8540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGATAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACC 8590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAG 8640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACG 8690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCA 8740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATC 8790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAA 8840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTT 8890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATC 8940
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCCAG 8990
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGT 9040
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGC 9090
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTG 9140
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGCAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGC 9190
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAA 9240
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTTGG 9290
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACT 9340
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAA 9390
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGT 9440
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAACACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATC 9490
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTT 9540
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCAT 9590
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAAT 9640
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACT 9690
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGA 9740
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCG 9790
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTAT 9840
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          --------------------------------------------------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTCTTC 9890
 
-
                                                                               
 
-
 
-
Rat3                          -------
 
-
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAGAATT 9897
 
                                        
                                        
</pre>
</pre>

Revision as of 20:07, 26 September 2012

Previous iGEM teams have charaterised an impressive array of inducible promoters, along with other elements of biosensing circuitry... Read More






Contents

Results

Set out below are the developments the team has made over the summer, in tackling our aim and objectives.

RiboSense

Ratiometrica

After a lot of technical difficulties, we were able to assemble our fluorescent construct using Gibson assembly. The photo below shows the predicted and obtained digest pattern using HINDIII.

The predicted digest, and the actual digest next to hyperladder I. The ladder is the same at the relevant molecular weights.

The construct is also sequenced from the beginning and middle (as it is a long part) by Source Bioscience, below is the alignment data from the sequencing (using ClustalW2):

CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment
                                                                                 

seq                            ---------------------------NNNNNNNNNNNAANNNNNNNA-- 21
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCCCAGTCCAGACTATTCGGCACTGAAATTATGGGTGAAGTGGTCAAGA 1050
                                                            .. ......**.....  *  

seq                            ---------------------------------------NNNNNNNTNTN 32
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCTCACTAGGCACCTTAAAAATAGCGCACCCTGAAGAAGATTTATTTGAG 1100
                                                                       ... ..*.:.

seq                            GTN--CNNT----------------------------------------- 39
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTAGCCCTTGCCTACCTAGCTTCCAAGAAAGATATCCTAACAGCACAAGA 1150
                               **   * .*                                         

seq                            -----------TTNNNNTCTN-------------CTAANTNTNAGNGCTC 65
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCGGAAAGATGTTTTGTTCTACATCCAGAACAACCTAATTGTGAGCGCTC 1200
                                          **....***              ****.*.*.** ****

seq                            NNAATTTTTTGNNNAATTNNTNANNNTTTATCTACN-GGTGTGTCAT-AT 113
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACAATTTTTTGCAAAAAGTTGTTGACTTTATCTACAAGGTGTGGCATAAT 1250
                                 *********   **: .. .:.  *********  ****** *** **

seq                            GTNTGGAANNNCNANNAGCTCACAATTAANGGATGAATTCN-AATGGTGA 162
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGTGGAATTGTGAGCGGCTCACAATTAAAGGAGGAATTCAAAATGGTGA 1300
                               **.*****... .*. .************ *** ******  ********

seq                            GCAAGGGCGANGAGCTGTTCACCGGGGTGGNGCCCATCCTGGTCGAGCTG 212
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTG 1350
                               **********.*******************.*******************

seq                            GACGGCGACGNGANCGGCNACAAGTTCATCGTGTCCTNCGAGGGCGAGGG 262
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGG 1400
                               **********.** **** ********* ******* .************

seq                            CGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCTTGAAGTTCATCTG-ACCACCGGCA 311
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCA 1450
                               ************************* ************* **********

seq                            AGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCNTCGTGACCACCCTGACTTGGGGCGTG 361
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTGGGGCGTG 1500
                               *********************** **************** *********

seq                            CANTGCTTCTNCCGCTACCCCGACCACATGAAGCANCANGACTTCTTCAN 411
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAA 1550
                               **.******:.************************.** ********** 

seq                            TTCCGCCATGCCCGAAGGCTACTTCNAGNAGCTCACCNTCTTCTTNAAGG 461
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGG 1600
                                ********************* ** **.*** **** ******* ****

seq                            ACNACGGCAACTACAT--------------TNAN---------------- 481
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACC 1650
                               **.************:              *.*                 

seq                            --------------------------------------------------
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAA 1700
                                                                                 
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment
                                                                                 

Rat3                           -----------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTTN 21
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGAGTCACACTGGCTCACCTTCGGGTGGGCCTTTCTGCGTTTATAAATTT 2150
                                                              ... .. .... .   **.

Rat3                           TGNCNNN-TAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAA 70
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TGTCAAAATAATTTTATTGACAACGTCTTATTAACGTTGATATAATTTAA 2200
                               **.*    ******************************************

Rat3                           ATTTTATTTGN-NAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTTACTAGAG 119
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ATTTTATTTGACAAAAATGGGCTCGTGTTGTACAATAAATGTTACTAGAG 2250
                               **********   *************************************

Rat3                           AAAGGTGGTGNATACTAGATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGG 169
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AAAGGTGGTGAATACTAGATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGG 2300
                               ********** ***************************************

Rat3                           GGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGT 219
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGT 2350
                               **************************************************

Rat3                           TCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACC 269
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACC 2400
                               **************************************************

Rat3                           CTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCT 319
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCT 2450
                               **************************************************

Rat3                           CGTGACCACCTTCGGCTACGGCCTGCAATGCTTCGCCCGCTACCCCGACC 369
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGTGACCACCTTCGGCTACGGCCTGCAATGCTTCGCCCGCTACCCCGACC 2500
                               **************************************************

Rat3                           ACATGAAGCTGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTC 419
pJS150_seq_-_Ratiometrica      ACATGAAGCTGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTC 2550
                               **************************************************

Rat3                           CAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGC 469
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGC 2600
                               **************************************************

Rat3                           CGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGG 519
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGG 2650
                               **************************************************

Rat3                           GCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTAC 569
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTAC 2700
                               **************************************************

Rat3                           AACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGG 619
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGG 2750
                               **************************************************

Rat3                           CATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGC 669
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGC 2800
                               **************************************************

Rat3                           AGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTG 719
pJS150_seq_-_Ratiometrica      AGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTG 2850
                               **************************************************

Rat3                           CTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCTACCAGTCCGCCCTGAGCAAAGA 769
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCTACCAGTCCGCCCTGAGCAAAGA 2900
                               **************************************************

Rat3                           CCCCNAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCC 819
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CCCC-AACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCC 2949
                               **** *********************************************

Rat3                           GCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAATAATGATACTA 869
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAATAATGATACTA 2999
                               **************************************************

Rat3                           GAGCCAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTT 919
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAGCCAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTT 3049
                               **************************************************

Rat3                           CGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCTACTAGTCATCATTTCC 969
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCTACTAGTCATCATTTCC 3099
                               **************************************************

Rat3                           TTCCGAAAAAACGGTTGCATTTAAATCTTACATATGTAATACTTTTCAAA 1019
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TTCCGAAAAAACGGTTGCATTTAAATCTTACATATGTAATACTTT-CAAA 3148
                               ********************************************* ****

Rat3                           GACTACATTTTGTAAGATTTGATGTTTGAANNCGGGCTGAAANATCGGTA 1069
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GACTACATTT-GTAAGATTTGATGTTTGAG-TCGG-CTGAAAGATCG-TA 3194
                               ********** ******************. .*** ******.**** **

Rat3                           CGTACCCNNNNTTGTTTCNNNATNNNNCAG-CCNATNNNCTNNNNGNATA 1118
pJS150_seq_-_Ratiometrica      CGTACCAATTATTGTTTCGTGATTGTTCAAGCCATAACACTGTAGGGATA 3244
                               ******. .. *******...**....**. ** ::   **.. .*.***

Rat3                           NNNNNNNAAGAGNNCTTCNNCNGGNNACNANTCANNNAANNANTNAANCN 1168
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GTGG--AAAGAGTGCTTCATCTGGTTACGA-TCAATCAAATATTCAAACG 3291
                               ....   *****..**** .*.**..**.* *** . ** .*.* ** *.

Rat3                           GNNGGNNNACNNNNTNNNN---ANNNNNNANNTTNNNCGAANNN------ 1209
pJS150_seq_-_Ratiometrica      GAGGGAG-ACGATTTTGATGAAACCAGTAACGTTATACGATGTCGCAGAG 3340
                               * .** . **. ..*.. .   *   .. * .** . ***:..       

Rat3                           ----CCNNNNNNNNTNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNN------------- 1242
pJS150_seq_-_Ratiometrica      TATGCCGGTGTCTCTTATCAGACCGTTTCCCGCGTGGTGAACCAGGCCAG 3390
                                   **..... . *. .  .   ....   . ....             
                                      


Our ratiometric luciferase construct arrived with full sequence coverage. Unfortunately, it was unexpectedly toxic. This hampered characterisation, and necessitated its submission to the registry in a low copy number backbone.

TO ADD:

luminescence images orange, cosegregation

Instrumentation (Biologger)

Having our instrumentation completed, as can be seen in our Instrumentation (Biologger) page, the sensitivity of the sensor placed in the right position was tested using a dilution series of luciferase-producing E.coli. 20ml Cultures were grown overnight from single colonies. The cultures were induced with 40ul of 1.5M arabinose (for a final concentration of 3mM). Cultures were left for 2 1/2 hours for full induction. Subsequently, a culture was pelleted and resuspended in 4ml LB. Doubling dilutions, of volume 2ml, were made from this concentrate, down to 1/8th concentration. 1ml of each 2ml dilution was analysed in each cuvette, which was placed in the cuvette holder we made ourselves. The result was very good. An almost linear relationship was obtained when data were normalised with the sensor value taken in the dark room (the latter set at zero) without using the cuvette holder (1-(sensor value/sensor value in absolute dark)), presenting the sensitivity of the sensor to different intensities of light. This behaviour was expected due to the changing offset affecting the luciferase spectrum curve at different light intensities. The offset, using our data, was calculated to be about 0.2V for each dilution. A second graph is shown which takes into account this offset (and removes it), thus showing the presence of blue frequencies. The result was as expected, as the presence of blue frequencies throughout the dilution series is not only detected, but also found to be approximately constant. The raw data of this investigation can be found in the Lab book.

Normalised sensor data using a dilution series of bioluminescent E.coli- Concentrations on the x-axis are relative therefore an OD 600 value was also taken
Normalised percentage of blue frequencies using the same dilution series of E.coli
Dilution series of E.coli starting from the most concentrated on the left (number 1) to the least concentrated on the right (number 4). Cuvette number 5 is our control, as it contains only LB

Once the sensor was tested for sensitivity, we tested that our circuitry correctly identified different frequencies (colours) of light. As can be seen below, measurements taken from orange and blue light yield values respectively above and below those from white light (our reference point). The data was taken using constant intensity of light for each case (V.High and V.Low brightness, as specified in the application). This was done with the aid of an Android phone and a specialised software application, called Color Flashlight, downloaded from the official Market.

As expected from the potential-divider design of our circuitry, orange and red frequencies caused the resistance of the LDR with the orange filter to decrease, leading to a higher voltage across the LDR with the blue filter. The opposite effect was observed with blue light. The reason that the white reference point is a bit lower than 2.5V (the expected value for a non-biased circuitry with a 5V source), is because we use resistors of total net resistance 1.67 kΩ before the blue LDR. This was done to bias the circuitry towards blue (i.e. decreasing the starting value, thus the sensor identifies always a bit more blue - this can be shown in previous graphs as well) and thus cause orange light to have a larger impact when present. This was used in an attempt to compensate for the fact that the peak at 560nm (Orange) in MOrange/luciferase fusion spectrum is lower than the one at 490 nm (Blue). Even though we did not manage to test the latter with transformed bacteria, the data collected in all the previous experiments makes us confident that the instrumentation is at least adequately functional.

Sensor data for different colours at different intensities

As the major part of the instrumentation, the bio-electronic interface, had been made and tested, now we turned to testing the other parts of our deveoped kit. This included the mechanical chassis of the prototype, the electronic/mechatronic (sensory and motory) components, and of course the software. The overview of the finished hardware/software can be seen in our Intstrumentation (Biologger) page. Below, the videos showing our instrumentation in action can be seen.

Sporage and Distribution