Team:Bielefeld-Germany/Labjournal

From 2012.igem.org

(Difference between revisions)
(Labjournal)
Line 55: Line 55:
  <div class="scroller">
  <div class="scroller">
<ul style="list-style-type:none">
<ul style="list-style-type:none">
-
<li><a href="#1"><strong>Woche 1</strong></a></li>
+
<li><a href="#1"><strong>Week 1</strong></a></li>
-
<li><a href="#2"><strong>Woche 2</strong></a></li>
+
<li><a href="#2"><strong>Week 2</strong></a></li>
-
<li><a href="#3"><strong>Woche 3</strong></a></li>
+
<li><a href="#3"><strong>Week 3</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 4</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 4</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 5</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 5</strong></a></li>
-
<li><a href="#1"><strong>Woche 6</strong></a></li>
+
<li><a href="#1"><strong>Week 6</strong></a></li>
-
<li><a href="#2"><strong>Woche 7</strong></a></li>
+
<li><a href="#2"><strong>Week 7</strong></a></li>
-
<li><a href="#3"><strong>Woche 8</strong></a></li>
+
<li><a href="#3"><strong>Week 8</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 9</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 9</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 10</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 10</strong></a></li>
-
<li><a href="#1"><strong>Woche 11</strong></a></li>
+
<li><a href="#1"><strong>Week 11</strong></a></li>
-
<li><a href="#2"><strong>Woche 12</strong></a></li>
+
<li><a href="#2"><strong>Week 12</strong></a></li>
-
<li><a href="#3"><strong>Woche 13</strong></a></li>
+
<li><a href="#3"><strong>Week 13</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 14</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 14</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 15</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 15</strong></a></li>
-
<li><a href="#1"><strong>Woche 16</strong></a></li>
+
<li><a href="#1"><strong>Week 16</strong></a></li>
-
<li><a href="#2"><strong>Woche 17</strong></a></li>
+
<li><a href="#2"><strong>Week 17</strong></a></li>
-
<li><a href="#3"><strong>Woche 18</strong></a></li>
+
<li><a href="#3"><strong>Week 18</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 19</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 19</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 20</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 20</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 21</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 21</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 22</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 22</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 23</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 23</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 24</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 24</strong></a></li>
-
<li><a href="#4"><strong>Woche 25</strong></a></li>
+
<li><a href="#4"><strong>Week 25</strong></a></li>
-
<li><a href="#5"><strong>Woche 26</strong></a></li>
+
<li><a href="#5"><strong>Week 26</strong></a></li>
</ul>
</ul>
  </div>
  </div>
Line 88: Line 88:
<div id="panes">
<div id="panes">
-
<div><h3>Woche 1</h3>
+
<div><h3>Week 1</h3>
<p class="more">
<p class="more">
Start of our WET LAB time.  
Start of our WET LAB time.  
Line 95: Line 95:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 2</h3>
+
<div><h3>Week 2</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 103: Line 103:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 3</h3>
+
<div><h3>Week 3</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 111: Line 111:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 4</h3>
+
<div><h3>Week 4</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 119: Line 119:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 5</h3>
+
<div><h3>Week 5</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 127: Line 127:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 6</h3>
+
<div><h3>Week 6</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 135: Line 135:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 7</h3>
+
<div><h3>Week 7</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 143: Line 143:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 8</h3>
+
<div><h3>Week 8</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 151: Line 151:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 9</h3>
+
<div><h3>Week 9</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 159: Line 159:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 10</h3>
+
<div><h3>Week 10</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 167: Line 167:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 11</h3>
+
<div><h3>Week 11</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 175: Line 175:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 12</h3>
+
<div><h3>Week 12</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 183: Line 183:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 13</h3>
+
<div><h3>Week 13</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 191: Line 191:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 14</h3>
+
<div><h3>Week 14</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 199: Line 199:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 15</h3>
+
<div><h3>Week 15</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 207: Line 207:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 16</h3>
+
<div><h3>Week 16</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 215: Line 215:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 17</h3>
+
<div><h3>Week 17</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 223: Line 223:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 18</h3>
+
<div><h3>Week 18</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 231: Line 231:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 19</h3>
+
<div><h3>Week 19</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 239: Line 239:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 20</h3>
+
<div><h3>Week 20</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 247: Line 247:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 21</h3>
+
<div><h3>Week 21</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 255: Line 255:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 22</h3>
+
<div><h3>Week 22</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 263: Line 263:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 23</h3>
+
<div><h3>Week 23</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 271: Line 271:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 24</h3>
+
<div><h3>Week 24</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 279: Line 279:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 25</h3>
+
<div><h3>Week 25</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift
Line 287: Line 287:
</p>
</p>
</div>
</div>
-
<div><h3>Woche 26</h3>
+
<div><h3>Week 26</h3>
<p class="more">
<p class="more">
                 hier eine Überschrift
                 hier eine Überschrift

Revision as of 08:34, 15 September 2012

Contents

Prologue

Starting the team

Beginning in january and february members of the former iGEM team from Bielefeld started seminars to inform interested students about synthetic biology, iGEM and the past Bielefeld projects. In March the final 2012 iGEM Bielefeld team was formed of 15 students and weekly meetings began. Our team was established and it was time to find a suitable project.

Find a project

The first weekly meeting were more like big group brainstorming and we discussed idea, which in some cases were totally different from each other. Everyone had to inform about ideas of others so that, in the end, we all could discuss together.

First project ideas were:

  • the detection of multiresistent pathogens
  • communication between bacteria and fungi using quorum sensing
  • a bacterial hand warmer
  • a possibility to detect and destroy mold fungus
  • something about spontaneous combustion of hay bale
  • an enzyme dispenser

For most of the ideas little information was available. For example spontaneous combustion of hay bales is probably a combination of the metabolisms of different microorganisms and fungus. After some reports in media and press about the environmental effects of steroid hormones, we decided to go for hormones. From the beginning our aim was not to detect but to degrade hormones. We found several possible ways for degradation as there are the hydrolysis of estradiol-derivates with sufatases and glucoronidases. But we thought the best way to degrade steroid hormones would be with the use of laccases. Laccases have the ability to radicalize aromatic rings and can therefore be used to degrade or polymerize a broad range of substances, such as steroid hormones, special insecticides, polycyclic aromatic carbohydrates and aromatic acids. In nature laccases are often used for degradation or polymerisation of lignin or pigments.

Molding together to a team

After we found our project idea we decided to have a get-to-know-weekend with some presentations about iGEM, important methods and ideas for human practices. We also held presentations about other possible iGEM projects to extend our horizon, as there were: e.g. RNA aptamers and magnetotactic bacteria. But the most important part of this weekend was the growing as a team. We realized that we all had one summer to work together, have fun together and most important to stand up together as a team.

Find the right

Now it was time to organize the work and find a suitable task for everyone. In a developing team a lot of different jobs have to be done, e.g.:

  • finding sponsors
  • communication with the public
  • human practices
  • wiki- and homepage-design
  • modelling
  • a forum for exchange of information
  • a joker, who entertains the team and lifts the mood

And finally lab work began, feel free to follow us in our weekly labjournal and have a look how our labwork, results and of course problems and their solutions, evolved.

Labjournal

Week 1

Start of our WET LAB time.

We began our time in the lab with the cultivation of Xanthomonas campestris B100 and E. coli BL21(DE3) to isolate the genomic DNA to do PCRs and purify the desired laccase ORFs. In Order to do this we at first had to designed the PCR-primers. We decided, that the forward primers had to included the prefix, the T7 promotor, the RBS and the first 20 bases of the gene of interest and the reverse primers should consist of the last 20 bases of the gene of interest, a His-tag, followed by two stop codons and the suffix. Furthermore we started making preparations for the Student Academy. The Students Academy is a week-lasting summer school (9th to 13th of July) we got the chance to take part in organizing it. It is distinguished with a lot of presentations and lessons for pupils, but also guided experiments they had to do by themselves. Therefore the general idea for our experimental part was to give the students an understanding of the principle methods in biotechnology and synthetic biology by using fluorescent proteins. So the first step was to searched the partsregistry for two plasmids with different fluorescent proteins and antibiotic resistances, respectively. read more

Week 2

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung read more

Week 3

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 4

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 5

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 6

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 7

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 8

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 9

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 10

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 11

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 12

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 13

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 14

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 15

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 16

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 17

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 18

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 19

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 20

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 21

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 22

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 23

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 24

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 25

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

Week 26

hier eine Überschrift

hier eine Zusammenfassung und ein read more

55px Logo merck.jpg BioCircle.JPG Bielefeld2012 Evonik.jpg Bielefeld2012 Baxter.png Logo knauer.jpg Logo iit.jpg Bielefeld2012 BIEKUBA.jpg Logo biometra.jpg Logo bio-nrw.png Bielefeld2012 Logo ERASynbio.jpg